基于遗传片段分析系统的转录起始位点分析技术:从预测到结果评估

摘要

[目的]以遗传片段分析仪内标法替代传统放射性标记引物延伸技术进行样本转录起始位点(TSS)分析,并弥补引物延伸技术应用于未知样本缺乏前期预测和后期评估环节,形成一套基于遗传片段分析仪内标法分析未知样品TSS的完整技术方案.[方法]以粘球菌Myxococcus DK1622来源的双拷贝GroELs基因为素材;首先从预测出发,利用数据库进行启动子和转录起始位点预测;其次,根据预测结果设计合成荧光标记引物进行靶标mRNA的反转录;再次,应用遗传片段分析技术内标法鉴定分析粘球菌来源的双拷贝GroELs基因转录起始位点(TSS)及其丰度;最后,应用正态分布理论进行鉴定结果评估.[结果]明确了转录起始位点的数量、转录丰度及最可能的TSS位点:粘球菌DK1622基因组中GroEL1拷贝存在1个启动子,TSS位点为TSS286;GroEL2拷贝存在2个启动子,TSS位点分别为TSS548和TSS502,其中TSS548转录丰度是TSS502的13.8倍,GroEL1的TSS286丰度是groEL2的TSS548丰度的14.3倍.[结论]预测结果指明了实验设计的范围,遗传片段分析仪内标检测法替代传统放射性标记法使实验更加简便、安全、自动、准确,正态分布理论进一步评估了实验结果的可信度,三者接合形成了完善的转录起始位点鉴定技术方案.