应用16S rRNA基因技术研究仔猪结肠梭菌Ⅳ群变化

摘要

【目的】研究从7日龄到35日龄(断奶后两周)仔猪结肠中梭菌Ⅳ群(柔嫩梭菌群,Clostridium Leptumgroup)结构以及数量的变化,探究该菌群与结肠中丁酸浓度的关系。【方法】选取3窝新生仔猪,分别在7、14、21(断奶)、24和35日龄每窝随机屠宰1头,收集结肠内容物,利用气相色谱测定挥发性脂肪酸(Volatilefatty acid,VFA);提取结肠内容物总细菌DNA,利用基于16S rRNA基因的变性梯度凝胶电泳(Denaturinggradient gel electrophoresis,DGGE)和Real-time PCR技术定性、定量分析梭菌Ⅳ群。【结果】对仔猪结肠中梭菌Ⅳ群DGGE图谱进行相似性分析显示,7日龄仔猪样品归于一簇,数值达90%以上,而与其他日龄的样品间相似性较低,断奶前(21日龄)和断奶后3天菌群则没有显著变化。Real-time PCR定量分析显示,仔猪结肠总细菌拷贝数在断奶后3天显著降低,这一趋势与结肠中的总挥发性脂肪酸和丁酸浓度变化相似,而梭菌Ⅳ群拷贝数变化则不显著。克隆和测序分析表明,仔猪结肠梭菌Ⅳ群中的优势菌为Faecalibacteriumprausnitzii,Subdoligranulum variabile以及一些未培养细菌。【结论】7日龄至14日龄仔猪结肠中梭菌Ⅳ群发生改变,但断奶对其影响不大;该菌群和结肠丁酸浓度关系还需进一步研究。