凡纳滨对虾低温差异表达miRNA的分析鉴定及靶基因的验证

摘要

cqvip:为了解析miRNA及靶基因在凡纳滨对虾低温适应过程中的分子调控机制,研究开展了凡纳滨对虾常温(28℃)及低温锻炼(16℃,6d)下肝胰腺小RNA文库的测序和分析。从常温对虾的小RNA文库测序获得18-32 nt的高质量序列10690259条,鉴定出已知的成熟miRNAs 57条;而从低温锻炼对虾的小RNA文库获得18—32 nt的高质量序列序列8587144条,鉴定出已知的成熟miRNAs 48条。分析获得25个在低温锻炼下呈显著差异表达的miRNAs。运用qRT-PCR验证了3条低温下差异极显著的miRNAs的表达模式。结果显示,3条miRNAs的表达模式与高通量测序结果基本一致。预测低温差异表达miRNAs的靶基因,并与转录组分析获得的低温显著差异表达基因进行比对,从二者重合的基因集中挑选出4个基因,即nuclear export mediator factor Nemf-lik、synapse-associated protein、seleno proteins以及DEAD-box RNA helicase Variant 1,运用qRT-PCR验证其在不同条件低温锻炼凡纳滨对虾肝胰腺中的表达规律,为解析miRNAs及其靶基因在对虾低温适应过程中的分子调控机制提供了基础数据。