适于海岛棉指纹图谱构建的SNP核心位点筛选与评价

摘要

海岛棉具有纤维品质好、抗病性强等优异性状,不仅为纺织工业提供优质棉纤维原料,也是陆地棉相关性状改良的重要供体材料.然而,与陆地棉相比,开展海岛棉的遗传多样性和基因分型研究相对较少.本研究基于CottonSNP80K芯片对282份不同来源的海岛棉品种/材料进行基因组SNP分型研究,以选择高效鉴别海岛棉材料的核心位点组合.按照检出率大于95％、具多态性、最小等位频率(MAF)大于0.01、杂合率小于0.05、无冗余位点等条件筛选,获得2594个高质量SNP位点.对上述位点设置不同数目梯度筛选,确定最优核心位点数.随着位点个数的增多,位点组合对海岛棉材料的识别率逐渐增加.当位点数为200时,识别率为89％;位点数提高到1500时,识别率可达99％.进一步增加位点数,识别率无显著变化.利用中选的1500个SNP位点检测供试材料,其平均MAF值0.14,平均杂合率0.007,平均多态信息含量0.21.SNP位点的聚丙烯凝胶电泳验证表明,SNP-PCR与芯片分型结果一致性达98.3％.本研究提供了适于海岛棉指纹图谱构建、含1500位点的一套核心SNP位点组合,可用于海岛棉遗传多样性分析和品种身份鉴定.