广丰千金薯和铁棍山药脱毒微型块茎的转录组分析

摘要

为探究广丰千金薯和铁棍山药在分子水平的差异,以广丰千金薯(QJS)和铁棍山药(TGSY)试管苗的微型块茎为试验材料进行转录组分析。结果表明:QJS组和TGSY组样本间相关系数为0.42。QJS组和TGSY组表达量FPKM的对数值在0~1.5,表达量密度在0~1.0。与TGSY组相比,QJS组有4765个基因下调,有5112个基因上调。QJS组和TGSY组表达的共有基因有25207个,QJS组单独表达的基因有5261个,TGSY组单独表达的基因有3571个。QJS组和TGSY组共发现611498个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点和12056个简单重复序列(simple sequence repeats,SSR)。与TGSY组相比,QJS组的淀粉合成酶3、α-淀粉酶3、β-淀粉酶、类黄酮3′-单加氧酶、类黄酮3′-羟化酶、花青素合酶等基因上调,而颗粒结合淀粉合酶2、蔗糖合酶1、扩展蛋白2和苯丙氨酸解氨酶等基因下调。这可能是广丰千金薯微型块茎肉质绵密粉嫩、软糯爽口、胁迫防御、食后易胀的内在原因。结果可以为广丰千金薯的品种鉴定和分子育种提供参考。