玫烟色棒束孢转录组测序及潜在致病相关基因分析

摘要

本研究利用Illumina HiSeq高通量无参转录组测序对玫烟色棒束孢IFCF01菌株进行测序及分析,探讨玫烟色棒束孢转录组基因的表达特征,为该菌基因功能研究提供基础数据。转录组测序共获得540896444条序列片段。组装后共获得36466条基因序列集合,总长度为34551468 bp,平均长度947 bp。功能注释结果显示,共有22741个基因在Nr、GO、COG、KEGG等6大数据库被注释,占总数的62.36%。在Nr数据库中共有21737条基因得到注释,其中注释到球孢白僵菌的数量最多,为44.3%。共有10888个基因注释到COG数据库的25个功能类别,匹配上4060个基因序列。GO注释结果显示,共有9617个基因得到注释,分布在生物过程、分子功能、细胞组分3大类功能模块的49个亚类。共有14364个基因在KEGG数据库得到注释,涉及108个KEGG代谢途径。利用病原菌和寄主互作数据库,共鉴定到86条玫烟色棒束孢潜在致病相关的基因。对基因序列进行简单重复序列(SSR)位点检测共获得8572个SSR位点,发生频率为18.18%。本研究结果可为玫烟色棒束孢基因资源挖掘、功能基因研究及SSR分子标记奠定基础。