基于转录组序列的芜菁SSR标记开发及应用

摘要

为了研究芜菁(Brassica rapa L.)种质资源的多样性水平,本研究采用转录组测序的方法挖掘芜菁的SSR分子标记。结果表明:转录组测序分析共获得了253720条unigene,其中13247条unigene序列中含有2个或2个以上SSR位点,SSR的发生频率为25.05%,平均每3.15 kb出现1个SSR,分布频率为31.42%。30对引物最终均获得了多态性高、条带清晰的结果,共扩增出多态性条带有126条,平均每对引物扩增出4.2条,平均多态率100%。根据电泳检测扩增结果,最终得到24对多态性高、条带清晰的芜菁SSR引物,24对SSR引物在50份芜菁材料中共扩增获得了101个等位基因,平均每个位点等位基因数4.21个,分析显示,平均有效等位基因数(Ne)为1.4817个,有效等位变异率为35.19%,这些结果表明,筛选出的引物能较好地表现50份芜菁的遗传多样性,同时对于更多芜菁品种的DNA指纹图谱构建和杂交种鉴定均具有重要意义。