谷子GATA基因家族的鉴定及表达分析

摘要

本研究从谷子基因组水平鉴定出33个SiGATA成员,命名为SiGATA1～SiGA TA33.利用生物信息学方法对谷子SiGATA家族的系统发育、基因结构、染色体分布、保守基序、蛋白三级结构和顺式调控元件进行预测和分析.结果 表明,33个SiGATA转录因子被划分为3组,不均匀的分布在8条染色体上,多数含有CX2CX18CX2C保守结构域;谷子GATA蛋白与单子叶植物水稻的同源性大于其他两种单子叶植物;蛋白三级结构分析表明,整体结构相似度存在差异,同组进化序列基因的结构相似度较高;顺式作用元件分析表明,SiGATAs启动子序列中存在调控生长发育、激素信号传导和逆境胁迫响应元件,其中SiGATA15、Si-GATA22、SiGATA31在干旱、厌氧诱导及脱落酸响应等元件中表达量较高,其在谷子生长发育及逆境响应过程中可能发挥了重要生物学功能.这些逆境响应及生长发育相关转录因子的挖掘,将为作物育种提供一定理论参考.