Caracterisation de la diversite bacterienne associee a trois especes de coraux scleractiniaires: Galaxea fascicularis, Pavona cactus et Turbinaria reniformis.

摘要

La premiere partie de cette etude (chapitre II) a consiste a decrire les communautes bacteriennes de l'eau de mer et celles associees au complexe tissu/mucus et au squelette denude des trois especes de coraux etudies, et ce, en relation avec la composition et la quantite de mucus produite. Les coraux ont ete incubes en aquarium dans les memes conditions de culture, en dehors de tout stress. Ensuite, la composition de la communaute bacterienne associee au complexe tissu/mucus et au squelette des coraux ainsi qu'a l'eau de mer a ete analysee par electrophorese sur gel a gradient denaturant (DGGE) a partir d'amplicons du gene d'ARNr 16S. Les resultats ont montre que la communaute bacterienne associee aux tissus est specifique a l'espece corallienne tandis que celle associee au squelette est plus homogene pour les trois especes. L'excretion de mucus est significativement differente pour les trois especes de coraux avec un taux d'excretion plus eleve chez G. fascicularis (178,2 + 17,4 nmol C mg protein-l h-1) que chez P. cactus (48,4 +/- 3,3 nmol C mg protein-1 h -1) et T. reniformis (18,4 +/- 1,4 nmol C mg protein-1 h-1). Le mucus de G. fascicularis et P. cactus contient principalement du galactose et du glucose comparativement au mucus de T. reniformis qui contient du glucose et du xylose. Le sequencage des bandes a montre deux nouveaux genres bacteriens ( 90 % de similarite) associes au tissu de P. cactus. La plus haute richesse apparente a ete retrouvee dans le tissu de G. fascicularis, lequel presente egalement le plus haut taux d'excretion de mucus. Ceci suggere que les differences observees quant a la quantite et la composition du mucus excrete peuvent partiellement expliquer les differences retrouvees dans la composition des communautes bacteriennes entre les tissus des trois especes coralliennes, meme si d'autres facteurs peuvent influencer cette composition.;La seconde partie de ce travail (chapitre III) avait pour but de verifier, sur les communautes bacteriennes associees aux especes de coraux et a l'eau de mer, les effets de deux facteurs importants pour la poursuite des experimentations, " l'effet aquarium " et l'effet de la fermeture du circuit d'eau de mer. Afin de tester " l'effet aquarium ", les boutures de G. fascicularis et P. cactus ont ete incubees dans deux aquariums dans les memes conditions de culture, en dehors de tout stress et la composition de la communaute bacterienne associee aux coraux ainsi qu'a l'eau de mer a ete analysee par DGGE. Nous avons demontre que la communaute bacterienne associee a une espece de corail ne changeait pas d'un aquarium a un autre. Pour l'effet de la fermeture du circuit d'eau de mer, les trois especes de coraux ont ete incubees dans deux aquariums et des echantillons ont ete recoltes en circuit ouvert puis apres l'arret du renouvellement en eau (circuit ferme). Les resultats ont montre qu'il y a un effet de la fermeture du circuit pour l'indice de Shannon apparent. T reniformis montre d'ailleurs une difference significative de cet indice selon le circuit, qui est plus eleve en circuit ouvert qu'en circuit ferme. Cela suggere que le renouvellement constant d'eau (circuit ouvert) est propice au developpement d'un plus grand nombre d'especes bacteriennes chez T. reniformis . Cependant, la fermeture du circuit n'influence pas la specificite des communautes bacteriennes associees aux coraux.;La derniere partie de cette etude (chapitre IV) a consiste a decrire l'influence de la temperature sur la composition des communautes bacteriennes associees au complexe tissu/mucus et au squelette des trois especes de coraux etudiees. Nous avons aussi decrit l'influence des coraux et de la temperature sur l'abondance des bacteries et la composition de la communaute bacterienne dans l'eau de mer. Les coraux ont ete incubes a deux temperatures (26 et 31 °C) et la composition de la communaute bacterienne a ete analysee par DGGE. L'abondance bacterienne dans l'eau de mer a ete mesuree par cytometrie en flux. La plus haute concentration de bacteries dans l'eau de mer a ete mesuree dans les aquariums maintenus a 31 °C et contenant des coraux. Par le mucus qu'ils excretent, les coraux enrichissent l'eau de mer en composes carbones ce qui favorise la croissance bacterienne dans l'eau. Par contre, ces memes aquariums presentent la plus faible richesse bacterienne apparente ainsi que l'indice de Shannon apparent le plus faible. Nous pouvons donc conclure que la temperature et l'excretion de mucus par les coraux favorisent seulement la croissance de quelques especes bacteriennes, notamment celles adaptees aux fortes temperatures ou celles capables d'utiliser les polysaccharides complexes du mucus. Cependant, la temperature n'affecte pas la composition des communautes bacteriennes associees aux tissus et au squelette des trois especes de coraux, lesquelles demeurent specifiques a leur hote.