抗Thy-1肾炎模型基因表达谱和蛋白质表达谱研究

摘要

背景与目的：
　　 系膜增殖是慢性肾小球肾炎常见的病理表现，由于发病机制不清，缺乏有效的治疗措施。抗Thy-1肾炎模型是经典的系膜增殖性肾炎模型，主要表现为可逆的系膜细胞增殖。本研究通过分析抗Thy-1肾炎模型不同时间点肾脏的基因表达谱和蛋白质表达谱，筛选与系膜增殖相关的基因和蛋白质，为系膜增殖性肾炎的发病机制及其干预措施的研究提供候选基因和干预靶点。
　　 材料和方法：
　　 1、模型的制备：200g健康雄性Wistar大鼠，随机分为对照组（6只）和模型组（30只）。对照组尾静脉注射生理盐水，模型组一次性尾静脉注射抗Thy-1抗体（2.5mg/kg），制备抗Thy-1肾炎模型，分别于0d（对照组）、3d、5d、7d、10d、14d（均为模型组，分别代表抗体注射后第3、5、7、10、14天）处死大鼠。
　　 2、基因表达谱分析：提取肾脏皮质RNA，利用Affymetrix U2302.0芯片（包含31000个探针位点，代表28000个大鼠基因），分析各时间点大鼠的基因表达谱。利用SAM软件进行数据处理，得到模型组各时间点与对照组比较的差异表达基因；利用Cluster3.0软件对差异表达基因和其中的转录相关基因进行系统聚类分析；利用Gominer软件和MAS系统分别进行基因的生物进程和分子功能分析；利用KEGG数据库分析分子通路变化；用定量PCR对TIMP-1、CCL2、S100A4、KLF15、MXI1进行验证。
　　 3、蛋白质组学分析：提取大鼠肾小球蛋白质，采用Cy2、Cy3、Cy5分别标记各样本。24cm pH3-11 NL strip和12.5％聚丙烯酰胺凝胶进行双相分离，利用Decyder软件进行数据处理和统计学分析；从制备胶中切取差异表达蛋白质点，利用飞行时间质谱和液质联用方法鉴定差异表达蛋白质，然后进行系统聚类分析。Western blot验证FHL2、NIT2蛋白质的表达。
　　 结果：
　　 1、抗Thy-1肾炎模型的病理改变和血、尿检测：（1）大鼠肾组织病理改变：模型肾脏在3d时出现系膜溶解，5d时出现系膜增殖，7d时出现重度的系膜细胞增殖和细胞外基质积聚，10d系膜增殖开始消退，14d系膜增殖显著消退。（2）24hr尿蛋白定量：模型组大鼠3d、5d、7d、10d尿蛋白定量显著高于对照组，其中3d是高峰；（3）血肌酐和尿素氮：模型组大鼠5d和7d血肌酐和尿素氮显著高于对照组，其中7d是高峰。
　　 2、抗Thy-1肾炎模型肾脏基因表达谱分析：（1）SAM软件分析结果显示，与对照组比较，模型组3d、5d、7d、10d、14d的差异表达基因数量分别是30、952、494、154、861个。（2）系统聚类分析结果显示，模型组差异表达基因的变化趋势可以分为5种类型：第1类变化趋势：在5d和成7d表达上调至高峰，10d和/或14d下调；第2类变化趋势：在5d和/或7d表达下调至低点，10d和/或14d上调；第3类变化趋势：在5d和/或7d表达下调，10d上调，14d下调；第4类变化趋势，在5d和/或7d表达开始下调，10d和/或14d下调至最低点；第5类变化趋势，在5d和/或7d表达开始上调，10d和/或14d上调至最高峰。在各个类型中，都有增殖和凋亡相关的基因差异表达。（3）GO分析结果显示，模型组各时间点的差异表达基因主要参与代谢、生物调节、信号转导、应激等生物进程和催化活性、分子结合等分子功能。（4）转录相关基因系统聚类分析结果显示，转录相关基因表达变化趋势主要集中在以下2类：一类在5d和/或7d上调至峰值，10d和/或14d表达下调，以促凋亡基因和抑增殖基因为主；另一类在5d和/或7d开始下调，14d下调至最低值，以促凋亡基因为主。（5）分子通路分析结果显示，模型组5d、7d、10d、14d发生变化的分子通路数量分别是28、24、9、22条。与细胞增殖相关的分子通路主要包括局部粘附、缝隙连接、紧密连接、细胞骨架调节、p53信号通路、细胞周期、细胞因子与受体相互作用、细胞粘附分子、MAPK信号途径等。在系膜增殖期，这些通路被激活；在系膜增殖恢复期，局部粘附、缝隙连接、细胞周期等通路被抑制。（6）定量PCR检测TIMP-1、CCL2、S100A4、KLF15、MXI1基因表达表达趋势与芯片中的结果基本一致。
　　 3、抗Thy-1肾炎模型蛋白质组学分析：（1）利用Decyder软件，在模型组中共发现了108个差异表达蛋白质。利用Maldi-Tof-MS和LTQ技术进行鉴定，共鉴定出了40个差异表达蛋白质，这些差异表达蛋白质主要参与代谢、应激、生物调节等生物进程和催化活性、分子结合等分子功能。（2）系统聚类分析结果显示：差异表达蛋白质的变化趋势主要集中在以下2类：一类是10d和/或14d表达下调，包括促增殖和抑增殖蛋白质；另一类是10d和/或14d表达上调，以抑增殖蛋白质为主。（3）验证：用Western blotting验证了FHL2和NIT2蛋白质表达，检测结果与蛋白质组学检测结果一致。
　　 结论：
　　 无论是抗Thy-1肾炎的系膜增殖期还是增殖恢复期，都有增殖和凋亡相关的基因差异表达，其中包括相关的转录基因。各时间点差异表达基因和蛋白质主要参与代谢、生物调节、信号转导等生物进程和催化活性、分子结合等分子功能。细胞粘附、细胞连接、细胞骨架调节、p53信号通路和细胞周期等分子通路及其相互作用在系膜增殖过程中被激活；而局部粘附、缝隙连接、细胞周期等分子通路在系膜增殖恢复期被抑制。这些结果提示系膜增殖与恢复涉及多个分子网络的复杂作用，在系膜增殖期抑制过度激活的分子通路可能有利于增殖的恢复。

目录

文摘

英文文摘

引言

实验研究一 抗Thy-1肾炎模型的制备

前 言

材料与方法

结 果

讨 论

小 结

参考文献

实验研究二 抗Thy-1肾炎模型基因表达谱研究

前 言

材料与方法

结 果

讨 论

小 结

参考文献

实验研究三 抗Thy-1肾炎模型蛋白质表达谱研究

前 言

材料和方法

结 果

讨 论

小 结

参考文献

全文总结

文献综述

参考文献

英文缩列词表

攻读学位期间发表论文

致 谢