西藏自治区埃柯病毒7型和11型基因特征分析

摘要

人类肠道病毒(human enteroviruses，HEV)属于小RNA病毒科(Picornaviridae)，目前已经报道的有101个型，被分为A、B、C、D 4类(species)及脊灰病毒，其中64个血清型被早期的中和试验所定型。肠道病毒基因组全长大约7500nt，VP1区是其重要的蛋白编码区，也是抗原决定区，是其分型的决定区域，近年来新发现的肠道病毒型别均是以VP1区的序列为依据。VP1区核苷酸序列的对比分析也是肠道病毒分子流行病学研究的重要数据资料。 大多数肠道病毒的感染是无症状的或只引起轻微症状，如非特异性发热或轻微上呼吸道症状(普通感冒)；也可以引起广泛多样的临床疾病，包括急性出血性结膜炎、无菌性脑膜炎、皮疹、急性弛缓性麻痹、手足口病、心肌炎和新生儿败血症。由于肠道病毒的型别多样，可引起多种轻重疾病，或者形成无症状感染者，近年来越来越受到各国疾病控制部门的重视。 我国地域辽阔，肠道病毒种类多，常年都有疫情发生。西藏自治区地理位置特殊，其肠道病毒的流行特点和型别特征未见相关研究报道。从这项研究的结果看，西藏地区1999-2002年人群中分离到polio，ECHO，Cox等多型别肠道病毒，以ECH07和ECH011最多，所以我们选取ECH07和ECH011病毒做进一步的分子流行病学研究。 目的 研究西藏自治区肠道病毒ECH07和ECH011 VP1区编码基因特征及其分子流行病学特点。 方法 选取从1999年-2002年西藏自治区AFP病例和0-5岁到儿童医院就诊儿童及部分健康儿童的659份粪便标本中分离的16株ECH07病毒和15株ECH011病毒，进行RNA提取，VP1编码区RT-PCR，PCR产物的核苷酸序列测定和分析。 结果 1999年标本分离到9株ECH07病毒，2000年分离到7株ECH07病毒，其它年份未分离到ECH07病毒。1999年标本分离到15株ECHO11病毒，其它年份未分离到ECH1011病毒。VP1区核苷酸序列测定结果证实这些经血清中和试验定型的病毒确实为ECH07和ECH011病毒；16株ECH07病毒VP1区基因全长都是876bp，翻译的氨基酸全长292aa。所测16株ECH07病毒核苷酸序列之间同源性在86.73-100.0％之间，所测序列和ECH07原型株-Wallace株相比，同源性在77.85-78.99％之间；和引起致死性脑脊髓炎的ECH07变异株—-UMMC株相比，同源性在81.67-83.79％之间。本研究构建的ECH07病毒遗传进化树将已知的ECH07病毒划分为4个基因型(genotype)，西藏分离的ECH07病毒独自形成1个新基因型(D基因型)。所测15株ECH011病毒VP1区基因全长都是876bp，翻译的氨基酸全长292aa。序列对比分析和基于VP1全基因序列构建的遗传进化树看，在目前已知的ECH011病毒形成A、B、C、D 4个基因组(genogroup)，A组包括中国山东省大部分分离株，以及中国西藏自治区的4株；B组仅有ECH011的原型株USA/CA53-Gregory；C组包括中国山东省较特殊的1株，以及中国西藏自治区的11株；15株西藏自治区ECH011分离株VP1区氨基酸序列对比明显显示出，分入A组和C组西藏毒株在292aa中有19aa的差异。这2组的西藏毒株同源性组间差异显著大于组内差异。 结论 首次划分了ECH07病毒的基因型，首次报告了我国西藏地区1999年和2000年人群中流行的ECH07病毒为一个新的基因型，D基因型；16株D基因型病毒划分为2个基因亚型，D1和D2。1999年流行的为D1；2000年流行的为D2。西藏地区1999年和2000年ECH07流行为不同的病毒亚型引起。2001年-2002年未发现ECH07的持续流行。目前我国分离的ECH011病毒存在2个基因型，A和C；西藏自治区1999年存在A和C 2个亚型ECH011病毒的共循环。

目录

论文说明：缩略语

摘要

前 言

材料与方法

结果

讨论

小结

综述：肠道病毒型别鉴定进展及ECHO病毒分子流行病学

参考文献

致 谢