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第1章绪论
1.1蛋白质局部结构的生物信息学
1.2局部结构
1.2.1二级结构(Secondray Structures)
1.2.2二级结构的指派方法
1.2.3从二级结构到三级结构
1.3结构字母表
1.3.1积木模块(Building Blocks)
1.3.2子结构(Substructures)
1.3.3结构积木模块(Structural Buildirigs Blocks)
1.3.4局部结构模式(Local Structural Motifs)
1.3.5低聚子(Oligons)
1.3.6Librairies
1.3.7(短)小积木模块((short)Small Building Blocks)
1.3.8I-sites
1.3.9Protein Blocks(PB)
1.4统计势
1.5核苷酸和氨基酸的相互作用
第2章蛋白质局部结构-局部序列统计势的构建
2.1引言
2.2材料和方法
2.2.1训练集和测试集
2.2.2构建局部序列统计势
2.2.3构建局部结构统计势
2.2.4测试统计势
2.3结果和讨论
2.3.1基于局部结构和局部环境的片段聚簇的有效性
2.3.2赝序列设计
2.3.3片段threading
2.3.4局部结构预测
2.3.5无空位threading(gapless threading)中识别天然序列
2.3.6无空位threading(gapless threading)中识别天然结构
2.3.7loop结构预测
2.5结论
2.6Web服务器
2.7致谢
第3章RNA结合位点的预测
3.1引言
3.2材料和方法
3.2.1数据集
3.2.2残基的结构邻居的氨基酸组成
3.2.3预测的输入信息
3.2.4多线性回归(Multiple Linear Regression)
3.2.5预测性能的度量指标
3.3结果和讨论
3.3.1RNA结合位点和非RNA结合位点的结构邻居的氨基酸组成
3.3.2MLR模型使用不同的特征作为输入信息所得到的性能
3.3.3训练得到MLR模型的各个回归系数
3.3.4跟现有的方法进行比较
3.3.5一个例子和web服务器
3.4结论
3.5Web服务器
3.6致谢
第4章总结和展望
4.1本文的主要工作内容和创新点
4.1.1关于局部统计势的构建
4.1.2关于RNA结合位点的预测
4.2下一步工作以及展望
参考文献
附录 补充表
致 谢
在读期间发表的学术论文与取得的研究成果