声明
符号说明
第一章 绪论
1.1 k-mer研究进展
1.2物种进化研究进展
1.2.1 序列比对算法
1.2.2 序列非比对算法
1.3 DNA甲基化
1.3.1 DNA甲基化酶
1.3.2 DNA去甲基化酶
1.4 DNA序列的特征参量
1.4.1 G+C含量
1.4.2 CG二核苷比率
1.5 进化争议物种介绍
1.6 论文结构
第二章 数据集与研究方法
2.1数据集
2.1.1物种全基因组序列的提取
2.1.2氨基酸序列
2.2 k-mer频谱
2.3随机分布中心频次
2.4 XY二核苷分类方法
2.5 XYZ三核苷分类方法
2.6 频谱的平均值和标准差
2.7频谱分离度和保守度
2.8 CpG抑制强度
2.9构建进化树方法
2.9.1 CG独立选择规律构建进化树
2.9.2氨基酸序列构建进化树
2.10 统计分析方法
2.10.1相关性分析
2.10.2 F检验
第三章 基因组序列独立选择规律
3.1 随机序列的k-mer频谱分布中心
3.2 基因组序列的k-mer频谱特征
3.3 基因组序列CG独立选择规律
3.4 基因组序列TA独立选择规律
3.5 CG和TA独立选择现象的定量表征
3.6 分离度和保守度的关系
3.7 XYZ三核苷分类下的k-mer频谱
3.8 总结与讨论
第四章 独立选择规律与基因组进化的关系
4.1 CG和TA独立选择特征的统计检验
4.2 独立选择规律的特征参数分析
4.3物种基因组独立选择强度图谱
4.3.1 动物基因组
4.3.2 植物基因组
4.3.3 真菌基因组
4.3.4 细菌基因组
4.4基因组序列的进化机制
4.5基因组中各类序列的独立选择强度
4.6 总结与讨论
第五章 独立选择规律与基因组序列基本特征量的关系
5.1 独立选择规律与基因组G+C含量的关系
5.2 独立选择强度制约G+C含量的机制
5.3 独立选择规律与CpG抑制强度的关系
5.4 CG独立选择规律制约CpG抑制强度的机制
5.5 总结与讨论
第六章 早期生物基因组的进化模式
6.1 生命演化的基本过程
6.2 研究基因组演化的方法
6.3 早期原核生物进化状态和过程推测
6.4 不同真核生物起源的推测
6.5 总结与讨论
第七章 独立选择模式与物种的生活习性
7.1 三种真菌独立选择模式与其生活习性的关系
7.1.1 伞菌
7.1.2 子囊菌
7.1.3 酵母
7.2 古细菌独立选择模式与其生活习性的关系
7.3 真细菌独立选择模式与其生活习性的关系
7.4总结和讨论
第八章 独立选择规律解释腔棘鱼进化的特殊性
8.1腔棘鱼基因组序列的进化水平
8.2 腔棘鱼全基因组序列的CpG抑制水平
8.3 腔棘鱼的进化位置
8.3.1 依据CG子集特征构建进化树
8.3.2 DNA甲基化酶
8.3.3 DNA去甲基化酶
8.4 总结与讨论
第九章 总结与展望
9.1 总 结
9.2 展 望
参考文献
附录
附图1
附表1
附表2
致谢
攻读博士学位期间发表和完成的学术论文
内蒙古大学;
