基于深度学习的蛋白质谱图库搜索策略研究

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注释表

第1章 绪论

1.1 研究背景及意义

1.2 国内外研究现状

1.3 主要研究内容及其创新点

1.4 论文组织结构

第2章 蛋白质谱图库搜索与深度学习

2.1 引言

2.2 谱图库搜索方法

2.3 谱图相似性计算过程

2.4 深度学习与谱图特征学习模型

2.5 本章小结

第3章 DLEAMSE谱图特征提取模型

3.1 引言

3.2 DLEAMSE模型结构与训练测试

3.3 训练与测试数据集

3.4 结果与讨论

3.5 本章小结

第4章 多种谱图相似性计算方法的比较评估

4.1 引言

4.2 基于DLEAMSE的谱图相似性计算方法

4.3 其他谱图相似性方法·

4.4 比较策略与实验数据

4.5 结果与讨论

4.6 本章小结

第5章 基于DLEAMSE的谱图库搜索方法

5.1 引言

5.2 近邻检索方法

5.3 基于DLEAMSE和Faiss的谱图库搜索方法

5.4 与SpectraST的比较方案

5.5 数据准备

5.6 结果与讨论

5.7 本章小结

第6章 总结与展望

6.1 总结

6.2 展望

参考文献

附录A 592个PRIDE Archive项目

附录B 不同阈值下范围搜索的结果

附录C Faiss方法概括

致谢

攻读硕士学位期间从事的科研工作及取得的成果