声明
引 言
1 绪论
1.1 非酿酒酵母
1.2 非酿酒酵母耐受乙酸胁迫的机理研究
1.2.1 乙酸对酵母的影响
1.2.2 酵母耐受乙酸胁迫的分子机制的研究
1.3 转录组测序 (RNA-seq)
1.3.1 转录组学技术的简介
1.3.2 RNA-Seq 技术
1.3.3 转录组测序的一般流程
1.3.4 RNA 提取，文库构建和测序
1.3.5 读取映射、注释和生信分析
1.4 蛋白质组学
1.4.1 蛋白质组学的简介及发展
1.4.2 蛋白质组学技术
1.5 本研究的内容及意义
1.5.1 研究内容
1.5.2 立题的背景意义
2 乙酸胁迫条件下非酿酒酵母 （I. orientalis） 的转录组学分析
2.1 材料与仪器
2.1.1 实验菌株
2.1.2 实验试剂与仪器
2.2 实验方法
2.2.1 菌种培养及生长曲线的测定
2.2.2 海藻糖浓度的测定
2.2.3 RNA 提取和 RNA-seq 测序
2.2.4 转录组的注释和功能分类
2.2.5 差异表达基因的鉴定和 GO 类别的统计分析
2.2.6 实时荧光定量 PCR (RT-qPCR) 验证所选 DEGs
2.3 结果与分析
2.3.1 乙酸处理对 I. orientalis 的生长的影响
2.3.2 细胞内的海藻糖浓度
2.3.3 Illumina RNA 测序结果和差异表达基因 (DEG) 的鉴定及注释
2.3.4 GO 分类注释和统计分析
2.3.5 乙酸耐受基因的 KEGG 通路分析
2.3.6 蛋白质-蛋白质相互作用网络
2.3.7 RNA-seq 的 RT-qPCR 验证
2.4 讨论
2.4.1 膜和细胞壁相关基因对乙酸的耐受性
2.4.2 线粒体功能和能量代谢
2.4.3 海藻糖和麦角甾醇的生物合成
2.4.4 热激蛋白和蛋白质折叠
2.5 小结
3 乙酸胁迫下非酿酒酵母 (I. orientalis) 蛋白质组学分析
3.1 材料与仪器
3.1.1 实验材料
3.1.2 实验试剂与仪器
3.2 实验方法
3.2.2 胰酶酶解
3.2.3 TMT标记
3.2.4 HPLC 分级分离
3.2.5 液相色谱-质谱联用分析
3.2.6 数据分析及差异表达蛋白的生物信息学分析
3.3 结果与分析
3.3.1 质谱质控检测结果
3.3.2 基于定量信息的蛋白质聚类分析
3.3.3 乙酸耐受机制及生物信息学分析
3.3.4 蛋白质-蛋白质相互作用网络图
3.4 讨论
3.4.1 I. orientalis耐乙酸抗性的机理
3.4.2 TCA循环、糖酵解途径响应乙酸胁迫
3.4.3 重要的金属离子
3.4.4 硫酸盐吸收和谷胱甘肽的合成
3.5 小结
4 乙酸胁迫下非酿酒酵母 (I. orientalis) 转录组学和蛋白质组学联合分析
4.1 实验材料与方法
4.2 结果与讨论
4.2.1 转录-蛋白联合分析结果筛选与统计
4.2.2 热激蛋白在转录组和蛋白质组层面上差异表达的联系
4.2.3 氨基酸和谷胱甘肽的合成
4.3 小结
5.1 研究结论
5.2 展望
参考文献
在学研究成果
致 谢
宁波大学;
