Tim-3基因多态性与HBV感染转归的相关性研究

摘要

背景：乙型肝炎病毒感染是世界范围的严重公共卫生问题之一,HBV感染的转归和多种临床表现形式受多种因素的影响。其中除了病毒因素之外还与宿主的免疫功能和遗传因素密切相关。HBV感染人体后能否被机体清除与免疫功能的强弱密切相关。而在遗传因素中,已有多个基因的单核苷酸多态性(SNPs)被证实与HBV感染后不同临床转归有关。易感基因的研究有助于弄清慢性乙型肝炎的发病机制,并将可能成为慢型乙型肝炎的诊断、治疗和判断预后的一个预测指标。慢性乙型肝炎作为一种具有遗传倾向的多基因传染性疾病,不同种族、不同地区乃至不同个体之间遗传特征均有不同程度的变异。Tim-3基因定位于人类第5号染色体,是Tim基因家族的一个重要成员,其编码表达的膜蛋白不表达于初始T细胞,而特异性地表达于活化的Th1细胞的表面,并且可以作为抑制分子下调Th1型细胞反应,从而导致机体的免疫监视能力的削弱。研究表明Tim-3基因的表达与许多免疫相关性疾病的发生有着密切的关联,研究证实Tim-3可能在HBV感染的过程中同样发挥着重要的作用。本实验旨在研究Tim-3基因tagSNP位点基因型和单体型与HBV感染转归之间的相关性。
　　目的：分析中国汉族人群T淋巴细胞免疫球蛋白粘蛋白-3(Tim-3)基因标签单核苷酸多态性(TagSNP)rs11741184C/G和rs13170556A/G多态性与HBV感染转归的关系。
　　方法：(1)病例选择和标本收集:病例选择标准为:收集2009年1月至2010年6月在安徽医科大学第一附属医院及第二附属医院感染病科诊治的乙型肝炎病毒感染恢复期患者301例。同时选取慢性乙型肝炎患者996例;两组患者均排除甲、丙、戊型肝炎病毒和HIV合并感染。对其进行病史采集并收集血清标本,保存待检。(2)基因组DNA模板制备:采用QIAGENDNA抽提试剂盒法提取基因组DNA。(3)多态性位点的选择及引物设计:根据hapmap数据库中汉族人Tim-3基因信息作为tagSNP的标准,选择出Tim-3基因两个tagSNP位点。检索(NCBI)公共数据库,用Primier3软件设计引物及延伸引物。(4)PCR扩增:PCR扩增产物纯化后-20℃长期保存。(5)SNaPshot反应:将获得的SNaPshot纯化产物进行毛细管电泳,运行GeneMapper4.0软件分析2个SNP的单核苷酸多态性,计算基因型和等位基因频率、两位点间的连锁不平衡系数(D’)值及单体型频率。
　　结果：Tim-3基因TagSNPrs11741184基因型CC、CG、GG分布频率在乙型肝炎病毒感染恢复期患者(研究组)中分布频率分别为84.39％(254/301)、15.28%(46/301)和0.33%(1/301),慢性乙型肝炎组(对照组)中分布频率分别为86.04%(857/996)、13.65%(136/996)、0.3%(3/996),两组P值分别为0.7719、0.4857;Tim-3基因TagSNPrs13170556基因型AA、GA、GG分布频率在乙型肝炎病毒感染恢复期患者中分别为68.77%(207/301)、28.57%(86/301)和2.66%(8/301),慢性乙型肝炎组(对照组)中分布频率分别为68.07%(678/996)、28.41%(283/996)和3.51%(35/996),两组P值分别为0.7673、0.6603。中国汉族人群中Tim-3基因SNP位点存在3种单体型(C-A、C-G、G-A),其分布频率在研究组分别为75.08%,16.94%和7.97%,对照组分别为75.15%,17.72%和7.13%,两组比较差异无统计学意义(P>0.05)。
　　结论：中国汉族地区人群中,Tim-3基因tagSNPrs11741184和rs13170556之间存在紧密连锁不平衡关系,但其多态性可能与慢性乙型肝炎感染转归不具相关性。

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Tim-3基因多态性与HBV感染转归的相关性研究

1前言

2 材料与方法

2.1研究对象

2.2 主要仪器、试剂及试剂配制

2.2.1主要仪器

2.2.2主要试剂

2.2.3 主要试剂配制

2.3研究方法

2.3.1标本采集

2.3.2标本处理

2.3.3多态性位点的选择

2.3.4引物设计

2.3.5基因组DNA的提取

2.3.6 PCR扩增：

2.3.7 琼脂糖凝胶电泳

2.3.8 统计学处理

3 结果

3.1 两组资料一般情况比较

3.2 Tim-3基因型及等位基因在恢复组与对照组中的分布及患病风险估计

3.3 Tim-3基因tagSNP单体型分析及患病风险估计

4 讨 论

4.1 展望

5 结论

参考文献

附录

致谢