新西兰兔在SPF与常规选育环境下盲肠转录组与代谢组以及微生物菌群的比较

目录

声明

符号说明

1 前 言

1.1肠道微生物

1.1.1肠道微生物的组成

1.1.2肠道微生物的影响因素

1.2 肠道微生物与免疫

1.2.1 肠道微生物与免疫调节

1.2.2 白细胞介素

1.2.3 免疫球蛋白

1.3肠道微生物与相关代谢产物

1.3.1短链脂肪酸

1.3.2 胆汁酸

1.4肠道微生物的其他作用

1.5 SPF动物

1.6 SPF环境与常规环境下实验动物的相关研究

1.6.1 SPF环境与常规环境下实验动物遗传背景的差异比较

1.6.2 SPF环境与常规环境下实验动物的主要脏器系数比较

1.6.3 SPF环境与常规环境下实验动物的血液指标差异比较

1.7 实时荧光定量PCR

2 材料方法

2.1 材料与试剂

2.1.1 实验动物

2.1.2 饲料及配方

2.1.3 实验动物饲养管理

2.1.4 实验仪器

2.1.5 实验试剂

2.1.6 实验试剂的配制

2.1.7 主要数据库及生物软件

2.2 实验方法

2.2.1 样品采集

2.2.2 新西兰兔盲肠组织的RNA提取

2.2.3 转录组测序

2.2.4 反转录

2.2.5 荧光定量

2.2.6 肠道内容物的DNA提取

2.2.7 微生物组测序

2.2.8 非靶向代谢组学测序

3 结果与分析

3.1 常规环境与SPF环境下新西兰兔生长指标的比较

3.2 两种不同环境下新西兰兔测序结果比较

3.2.1 两种不同环境下新西兰兔16SrRNA测序结果

3.2.2 两种不同环境下新西兰兔转录组测序结果

3.2.3 荧光定量PCR验证结果

3.2.4两种不同环境下新西兰兔的非靶向代谢组学测序结果

4 讨论

4.1 肠道微生物菌群与宿主的相互作用

4.2 肠道微生物与免疫的关系

4.3两种环境下新西兰兔的肠道微生物差异讨论

4.4 两种环境下新西兰兔在转录组层面的差异讨论

4.5 两种环境下新西兰兔在非靶向代谢组层面的差异讨论

5 结论

参考文献

致谢