基于140种植物全基因组序列的SSRs比较分析与长SSRs潜在功能的初探

目录

声明

符号说明

1 前言

1.1 植物基因组测序的进展

1.2 简单重复序列简介

1.2.1 简单重复序列的定义

1.2.2 简单重复序列的分类

1.2.3 简单重复序列的分布

1.2.4 简单重复序列与适应性进化

1.3 SSRs分子标记应用

1.3.1 SSRs分子标记的特点

1.3.2 SSRs标记在分子生态学中的应用

1.4 研究的目的和意义

2 材料与方法

2.1 植物基因组数据的获取和物种的分类

2.1.1 植物基因组数据的获取

2.1.2 植物的分类方法

2.2 基因组数据的格式化处理

2.3 SSRs的提取

2.4 长SSRS的提取与分析

2.5 数据处理

3 结果与分析

3.1 植物信息的统计

3.2 SSRS的分布统计

3.2.1 植物中SSRS的总体分布情况

3.2.2 被子植物不同科之间SSRS的分布情况

3.3 不同分类群中SSRS的分布偏好

3.3.1 不同SSRs类型在不同分类植物中的分布

3.3.2 植物基因组和SSRs中GC含量的统计

3.3.3 GC含量与SSRs motif的关系

3.4 植物中长SSRs的分析

3.4.1 基因组中长SSRs的分布偏好

3.4.2 编码区中长SSRs的结构与功能预测

4 讨论

4.1 植物基因组大小与SSRs频率的关系

4.2 SSRs偏好性的影响因素

4.3 植物基因组和CDS中长的SSRs分布的偏好性

5 结论

参考文献

附录

致谢