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【6h】

基于贝叶斯矩阵分解和异构网络算法的microRNA与疾病关联预测研究

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表清单

变量注释表

1 绪论

1.1 研究背景和意义(research background and significance)

1.2 国内外研究现状(research status at home and abroad)

1.3 课题相关工作进展(related work progress of subject)

(1)基于打分函数的模型

(2)基于网络算法的预测模型

(3)基于机器学习的预测模型

1.4 本文的组织结构(structure of this article)

2 miRNA与疾病相关生物数据概述

2.1.1 疾病相关简介

2.1.2 疾病语义相似性计算

2.2.1 miRNA相关简介

2.2.2 miRNA功能相似性计算

2.3 miRNA与疾病关联(miRNA-disease association)

2.4 本章小结(chapter summary)

3 贝叶斯矩阵分解算法模型构建

3.1 问题描述(problem description)

3.2 相关基础工作(related basic work)

3.3 数据集及预处理(dataset and preprocessing)

3.3.1 疾病-miRNA关联矩阵

3.3.2 miRNA整合相似性

3.3.3 疾病整合相似性

3.4 贝叶斯矩阵分解算法模型(Bayesian matrix factorization algorithm model)

3.4.1 总体框架

3.4.2 双核核化贝叶斯矩阵分解

3.4.3 变分近似推理

3.4.4 预测miRNA与疾病关联

3.5.1 留一和五折交叉验证

3.5.2 参数对性能的影响

3.5.3 案例研究

3.6 本章小结(chapter summary)

4 异构网络的图正则化转导回归算法模型构建

4.1 问题描述(problem description)

4.2 相关基础工作(related basic work)

4.3 数据集及预处理(dataset and preprocessing)

4.3.1 lncRNA-miRNA关联矩阵和疾病-lncRNA关联矩阵

4.3.2 lncRNA相似性

4.4 异构网络的图正则化转导回归模型(graph regularized transduction regression model based on heterogeneous network)

4.4.1 总体框架

4.4.2 构建异构网络

4.4.3 预估计未标记节点相关的疾病

4.4.4 图正则化转导回归方法描述

4.5.1 留一和五折交叉验证

4.5.2 案例研究

4.6 本章小结(chapter summary)

5 总结与展望

5.1 算法优点与不足(advantages and disadvantages of algorithms)

5.1.1 贝叶斯矩阵分解算法模型

5.1.2 异构网络的图正则化转导回归算法模型

5.2 展望(prospect)

参考文献

作者简历

学位论文原创性声明

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著录项

  • 作者

    李绍鑫;

  • 作者单位

    中国矿业大学中国矿业大学(江苏);

  • 授予单位 中国矿业大学中国矿业大学(江苏);
  • 学科 控制科学与工程
  • 授予学位 硕士
  • 导师姓名 陈兴;
  • 年度 2020
  • 页码
  • 总页数
  • 原文格式 PDF
  • 正文语种 chi
  • 中图分类 S51S33;
  • 关键词

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