鸡ESRα基因SNPs分析及其与早期产蛋性能关系的研究

摘要

雌激素受体(ESR)是一种与特异激素应答DNA元件相结合的激活转录因子，有ESRα、ESRβ两种亚型，它广泛存在于各种动物体内，具有转录调控蛋白质的功能，能影响雌激素基因在雌性脊椎动物组织的表达与调控，从而对雌性繁殖周期中卵泡的生长发育发挥作用。 本研究采用候选基因法，以中国优良地方鸡种文昌鸡(n=160)作为试验鸡群，巴布考克鸡(n=99)作为对照鸡群，将ESRα基因作为鸡产蛋性状的候选基因，根据GenBank上登陆的鸡ESRα序列(GenBankAccessionNo.NC006090)，设计14对引物，扩增出ESRα基因的所有外显子、5’侧翼调控区和第1内含子部分序列，采用PCR-SSCP方法检测基因变异，寻找鸡ESRα基因的单核苷酸多态性位点(SingleNucleotidePolymorphisms，SNP)，并分析ESRα基因多态性与文昌鸡产蛋性状的相关性。 经PCR-SSCP检测发现文昌鸡和巴布考克鸡ESRα基因的整个编码区均未出现多态，仅在第5外显子两鸡群有所差异。克隆测序比对后发现巴布考克与GenBank上的序列有1处A126G碱基差异，是一个同义突变；文昌鸡有1处T128C碱基差异，导致编码的氨基酸发生变化，即Leu43Ser。5’侧翼调控区文昌鸡检测到两种基因型，杂合型碱基序列有4个SNPs：A-34G，T-76C，T-79C，C-102T。第1内含子(外显子2上游约300bp的序列)存在多态性，其中巴布考克鸡有2个SNPs位点，分别是：T122C，C169T。文昌鸡3个SNPs位点，分别是：T122C，A155G，C169T。A155G的碱基突变使内含子1序列中出现了TCTAGATCTTC的重复序列，使150-160bp处新增了与130-140bp处的酶切位点完全一致的XbaⅠ、BfaⅠ、BgⅢ、BstYI、Sau3AI、DpnI等6个酶切位点。 群体遗传分析表明，5’侧翼调控区文昌鸡的两种基因型频率分别为CC型0.794、CD型0.206，两个等位基因频率分别是C为0.897、D为0.103，C等位基因在群体中占绝对优势。经χ2检验，文昌鸡群体在此突变位点处于Hardy-Weinberg平衡状态。两种基因型与产蛋性状的关联分析表明，在文昌鸡的早期产蛋性能(开产日龄、开产蛋重、40周龄产蛋重、40周龄产蛋量)上CC型与CD型间没有显著差异。在内含子1处巴布考克鸡检测到的三种基因型频率分别为MM0.151、MN0.586、NN0.263；等位基因频率M为0.444，N为0.556。经χ2检验，巴布考克鸡群体处于Hardy-Weinberg平衡状态。文昌鸡三种基因型频率分别为EE0.187、EF0.580、FF0.233；等位基因频率E为0.477，F为0.523。经χ2检验，文昌鸡群体处于Hardy-Weinberg平衡状态。与产蛋性状的关联分析表明，在开产日龄、开产蛋重和40周龄产蛋重上三种基因型之间差异不显著，而在40周龄产蛋量上EF、FF型均极显著大于EE基因型(P＜0.01)，杂合型EF与FF基因型之间也存在显著差异(P＜0.05)。结果表明，ESRα基因内含子1的多态性可能与产蛋性能相关，将可用于对产蛋性状进行分子标记辅助选择。

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引言

1材料与方法

2结果与分析

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4结论

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