基于生物信息学方法探讨模块网络及ceRNA调控网络在胃癌中的相关作用机制研究

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符号说明

前言

第一部分基于WGCNA分析和识别胃癌特异性的共表达基因模块网络以及枢纽基因

1.1背景

1.2资料与方法

1.2.1数据下载

1.2.2胃癌显著表达基因的WGCNA分析

1.2.3基因模块功能分析

1.2.4选取red模块中枢纽基因

1.3 结果

1.3.1 数据整理

1.3.2 加权基因共表达网络分析（WGCNA）

1.3.3 8个相关模块基因的功能分析

1.3.4 red模块中枢纽基因的选择

1.4讨论

1.5 结论

参考文献

第二部分基于生物信息学方法构建及分析胃癌特异性的

2.1研究背景

2.2资料与方法

2.2.1数据下载

2.2.2 差异表达分析

2.2.3差异靶基因GO功能分析及KEGG信号通路富集分析

2.2.4胃癌特异ceRNA调控网络构建

2.2.5生存分析

2.2.6PPI（蛋白相互作用）网络构建及分析

2.3.7QPCR验证

2.3.8WB验证

2.3结果

2.3.1 胃癌样本详细临床病理特征

2.3.2 胃癌lncRNAs、miRNAs、mRNAs表达谱差异初步分析

2.3.3构建胃癌特异性的lncRNAs相关的ceRNA调控网络

2.3.4差异基因KEGG信号通路、功能分析

2.3.5生存分析

2.3.6PPI（蛋白相互作用）构建及分析

2.3.7QPCR验证及分析

2.3.8WB验证及分析

2.4 讨论

2.5结论

2.6全文总结

参考文献

综述竞争性内源性RNA在胃癌中的作用

1胃癌

2竞争性内源性RNA

3胃癌相关的竞争性内源性RNA

3.1同源基因转录反义RNA(HOX transcript antisense RNA, HOTAIR)

3.2胃腺体预测性的长链非编码序列RNA（gastric adenocarinoma predictive long intergenic nocoding RNA,GAPLINC）

3.3肿瘤抑制基因7（tumor suppressor candidate 7, TUSC7）

3.4 fer-1家族基因4（pseudogene,fer-1 like family member 4, FER1L4）和BC032469

4结论

参考文献

个人简历

博士研究生期间发表的文章

致谢