基于TMT和PRM技术的湿性年龄相关性黄斑变性泪液蛋白质组学研究

摘要

背景：年龄相关性黄斑变性（age-related macular degeneration， AMD）是一种严重的致盲性疾病，治疗效果差。其中湿性AMD（nAMD）是其致盲的主要类型，因此临床上迫切需要寻找一种能够早期发现、早期预防nAMD的方法。通过蛋白质组鉴定nAMD相关蛋白标志物的方法为其提供了可行的手段。泪液作为眼表循环的液体，已有研究表明泪液蛋白质组学研究能够很好的反应眼部及系统性疾病的发展状况，并且AMD的蛋白质组学目前在泪液方面较为缺乏。因此，nAMD泪液蛋白质组学对nAMD的早期筛查、机制研究以及治疗靶点的探索有重要意义。　　目的：研究nAMD患者的泪液蛋白质组学，并筛选差异表达蛋白以鉴定潜在的生物标志物。　　方法：以33例未经诊治nAMD患者和30例正常人的泪液为实验对象，采用串联质谱标签法（Tandem mass tag，TMT）技术鉴定两组差异表达蛋白，对所鉴定的差异表达蛋白进行生物信息学分析，并筛选出 3 个有潜在研究前景的候选蛋白，使用平行反应监测（Parallel reaction monitoring，PRM）技术靶向验证候选蛋白在nAMD中的表达情况。　　结果：通过TMT共鉴定出泪液中3473个蛋白质，其中包含差异表达蛋白382个（对比正常组，疾病组中有122种蛋白表达上调，260种蛋白表达下调，P＜0.05），通过GO（Gene Ontology）功能富集分析和KEGG通路富集分析发现差异表达蛋白主要参与免疫反应和氧化应激的调节。选择单胺氧化酶A（MAOA）、转醛醇酶（transaldolase）和溶酶体相关膜蛋白2（LAMP-2）作为潜在的生物标记物，并通过PRM成功验证到这3个候选蛋白与TMT结果一致（P＜0.05）。　　结论：采用TMT相对定量结合PRM靶向验证技术鉴定出nAMD与正常人泪液中的差异表达蛋白，并提供 3 种潜在的生物标记物，为nAMD的早期诊断和机制研究提供了方向。

目录

声明

英汉缩略语名词对照

前言

1材料与方法

1.1样本收集

1.2 TMT相对定量蛋白质组学

1.2.1主要试剂和仪器

1.2.2泪液样本收集

1.2.3蛋白提取、定量和肽段酶解

1.2.4TMT标记和High pH Reversed-Phase肽段分级

1.2.5 LC-MS/MS数据采集

1.2.6蛋白质鉴定和定量分析

1.3生物信息学分析

1.4 PRM靶向蛋白验证

1.5统计学分析

2结果

2.1 SDS-PAGE电泳结果

2.2蛋白质鉴定结果

2.3生物信息学分析结果

2.4 PRM验证结果

3讨论

全文小结

参考文献

文献综述:蛋白质组学在糖尿病视网膜病变和年龄相关性黄斑变性中的应用进展

致谢

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