牛亚科基因组重复序列的结构特征及系统进化研究

目录

声明

主要符号对照表

第一章 绪论

1.1 重复序列概述

1.2 串联重复序列概述

1.2.1串联重复序列的定义和分类

1.2.2串联重复序列的作用

1.3转座子概述

1.3.1转座子定义

1.3.2转座子分类

1.3.3转座子功能

1.4牛亚科重复序列研究现状

1.4.1牛亚科串联重复序列研究进展

1.4.2牛亚科转座子研究进展

1.5本研究的目的和意义

第二章 牛亚科串联重复序列的分布和特征

2.1前言

2.2材料与方法

2.2.1 数据收集

2.2.2串联重复序列的鉴定

2.2.3串联重复序列的分类

2.2.4着丝粒卫星序列的提取

2.2.5构建系统发育树

2.3结果

2.3.1串联重复序列整体分析

2.3.2微卫星的分布和特征

2.3.3小卫星的分布和特征

2.3.4卫星序列的分布和特征

2.4讨论

第三章 牛亚科散在重复序列的分布和特征

3.1前言

3.2材料与方法

3.2.1数据收集

3.2.2散在重复序列的鉴定

3.2.3转座子统计

3.2.4分化率

3.2.5转座子在基因组中的位置分析

3.3结果

3.3.1转座子的组成及含量

3.3.2转座子的分化率

3.3.3转座子与基因位置

3.4讨论

3.4.1 non-LTR在基因组中的含量

3.4.2转座子与非编码区的关系

第四章 串联重复序列与散在重复序列的进化关系

4.1 引言

4.2材料与方法

4.2.1数据收集

4.2.2重复序列鉴定

4.2.3单位点、多位点串联重复序列分析

4.2.4串联重复序列与转座子间的序列相似性分析

4.2.5转座子的串联重复特征分析

4.3结果

4.3.1重复序列分析

4.3.2单位点、多位点串联重复序列分析

4.3.3 TE-derieved的串联重复序列分析

4.3.4 TRs-related转座子及其活性分析

4.3.5 BovB和L1_BT转座子的串联重复特征分析

4.4讨论

第五章 全文结论

参考文献

致 谢

作者简历