鹅HMGR基因外显子6-8区域克隆、RFLP及其与鹅重要经济性状关联性分析

摘要

3-羟基-3-甲基戊二酸单酰辅酶A还原酶(HMGR)是胆固醇代谢过程中的限速酶,也是胆固醇合成中的关键酶。本文提取皖西白鹅与四川白鹅杂交F1代血液基因组DNA,参照人,鸡和猪HMGR基因的cDNA序列,利用DNAStar软件确定该基因在外显子6和外显子8上的保守区,设计引物克隆并测序了鹅HMGR基因外显子6-8区域的DNA序列；试验测定了皖西白鹅与四川白鹅杂交F1代101只鹅的重要经济性状,并利用HinfI、ScrfI、Pist I和HindIII 4种酶对所扩增产物进行PCR-RFLP分析,研究了不同基因型与鹅重要经济性状的相关性。 1.对鹅HMGR基因外显子6-8区域进行克隆测序,结果表明HMGR基因外显子6-8区域的DNA序列长1159bp,其中外显子6、7和8序列长分别为104bp、117bp和103bp,内含子6和7序列长分别为418bp和417bp。序列已提交GenBank,收录号EU753857。 2.在PCR-RFLP分析中,4种内切酶中仅HinfI和ScrfI获得酶切多态性,其中由HinfI酶切检测到A和B两个等位基因组成AA、AB、BB三种基因型,等位基因A和B的基因频率分别为0.3069和0.6931。ScrfI酶切检测到C和D两个等位基因组成CC、CD和DD三种基因型,等位基因C和D的基因频率分别为0.6584和0.3416。 3.对从、BB、CC和DD基因型样本的PCR扩增产物进行测序,结果显示,在HMGR基因第7内含子第48位的碱基产生cCtgg→cTtgg突变,使得等位基因产生D→C突变,而在第7内含子第254位的碱基产生gaatC→gaatG突变,使得等位基因产生A→B突变。 4.分析不同基因型与鹅重要经济性状之间的关联性,结果表明：不同基因型对鹅胴体性状的遗传效应主要体现在腹脂重和胸肌重2个性状,其中DD型能显著提高鹅腹脂重12.14％(P<0.01)和降低胸肌重12.80％(P<0.01);而AA型能显著降低腹脂重9.88％(P<0.01)和提高胸肌重9.18％(P<0.01)。 对胴体性状比值的遗传效应主要体现在腹脂率和胸肌率2个性状。DD型能显著提高鹅的腹脂率(13.19％,P<0.01)和最大降低胸肌率的作用(-14.77％,P<0.01)。 对羽绒性状的遗传效应体现在羽绒重、羽绒率和千朵重3个性状。CC型能显著提高鹅的羽绒重和羽绒率(12.39％和11.38％,P<0.01),AB型具有提高千朵重的效应(11.15％,P<0.05),而CD型则具有降低羽绒重(-8.50％,P<0.01)、羽绒率(-8.16％,P<0.05)和千朵重(-8.99％,P<0.05)的效应。 对肉质性状的遗传效应体现在胸肌失水率、腿肌失水率、胸肌粗脂肪含量和腿肌粗脂肪含量4个性状。其中CC型显著提高腿肌失水率(11.31％,P<0.01),DD型显著降低腿肌失水率(-14.90％,P<0.01);CC型则具有显著提高胸肌(8.38％,P<0.01)的效应；AA型具有显著提高腿肌失水率(10.40％,P<0.01)的效应；AB型显著降低胸肌粗脂肪含量(-9.36％,P<0.05)和显著提高腿肌粗脂肪含量(19.32％,P<0.01),CD型显著提高胸肌粗脂肪含量(10.28％,P<0.01);BB型显著降低腿肌粗脂肪含量(-8.77％,P<0.05)。

目录

文摘

英文文摘

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文献综述

1引言

2材料与方法

2.1材料

2.1.1试验动物及性状测定

2.1.2药品和酶

2.1.3主要仪器设备

2.1.4软件工具

2.2试剂配制

2.3鹅血样基因组DNA的提取及浓度、纯度测定

2.3.1基因组DNA提取

2.3.2 DNA浓度、纯度测定

2.4目的基因的扩增

2.4.1引物设计

2.4.2 PCR扩增

2.4.3琼脂糖凝胶电泳检测

2.4.4 HMGR基因外显子6-8区域的克隆和测序

2.4.5序列分析软件

2.5分析方法

2.5.1基因型频率

2.5.2基因频率

2.5.3群体内遗传变异的度量指标——杂合度

2.5.4有效等位基因数

2.5.5多态信息含量值的计算

2.5.6效应分析模型

2.5.7基因型贡献率与基因主效应指数

3结果与分析

3.1 DNA提取

3.2 HMGR基因外显子6～8区域的DNA序列

3.2.1目的片段的RFLP与基因频率

3.2.2等位基因杂合度、有效等位基因数、多态信息含量

3.3鹅重要经济性状与RFLP之关联分析

3.3.1对胴体性状的效应

3.3.2对羽绒性状的效应

3.3.3对肉质性状的效应

4讨论

4.1影响PCR反应的因素

4.1.1样本的保存与基因组DNA的提取

4.1.2引物

4.1.3退火温度与延伸时间的设置

4.2内含子的功能

4.3群体多样性

4.4关于鹅HMGR基因内含子7的RFLP及其遗传效应

5结论

参考文献

致谢

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