鹅GnRH基因5'端调控区和外显子1SNPs检测及与产蛋量的关系

摘要

促性腺激素释放激素(gonadotropin-releasing hormone， GnRH)由动物丘脑分泌。研究表明，禽类GnRH表达量的高低与家禽的繁殖性能具有密切的相关性，GnRH可作为与产蛋性能相关的候选基因之一。 本研究以我国优良的中型鹅品种皖西白鹅(n=200)和引入的莱茵鹅(n=80)为研究素材，选择与产蛋性能相关的GnRH基因，通过比较基因组学方法，应用Dnastar和PrimerPremier 5．0软件，根据GenBank登陆的鸡GnRH基因序列(登陆号：x69491)，共设计了4对引物对皖西白鹅GnRH基因的5’端调控区及外显子1序列进行克隆测序；运用PCR-SSCP法对皖西白鹅和莱茵鹅GnRH基因外显子1和5’端调控区片段分别进行多态性分析，检测其基因突变位点，并分析基因多态性及与皖西白鹅产蛋量间的相关性。 克隆了皖西白鹅和莱茵克GnRH基因5’端调控区及外显子1序列(GenBank登录号：EF495207，EF405623)。序列比较表明，皖西白鹅GnRH基因5’端调控区序列与莱茵鹅和家鸡的同源性分别为99％和65％；外显子1序列与莱茵鹅和家鸡序列完全相同。 对皖西白鹅和莱茵鹅GnRH基因5’调控区及外显子1进行多态性检测，结果表明，外显子1扩增片段经SSCP检测不存在多态性；5’端调控区发现有3个SNP位点，其中GnRH基因5’调控区F3引物有2个SNP位点，而F4引物有1个SNP位点。 群体遗传学分析表明，皖西白鹅F3引物检测的两个等位基因，频率分别为0.7和0.3，三种基因型(AA、AB和BB)频率分别为0.62、0.16和0.22；F4引物检测的两个等位基因频率分别为0.83和0.17，三种基因型(CC、CD和DD)频率分别为0.66、0.34和0。经X<'2>适合性检验，群体在两位点均处于Hardy-weinberg不平衡状态。莱茵鹅F3和F4引物检测的等位基因频率分别为0.625、0.375和0.575、0.425，对应的基因型(EE、EF、FF、MM、MN和MM)频率分别为0.525、0.2、0.275、0.4、0.35和0.25。经X<'2>检验，两位点均处于Haray-Weinberg不平衡状态。皖西白鹅在F3和F4引物检测的多态位点的PIC分别为0.3381和0.2424；莱茵鹅在F3和F4引物检测位点的PIC分别为0.3589和0.3693。 最小二乘分析表明，在皖西白鹅群体中，F3引物检测出的三种基因型与产蛋量间有显著相关性(P<0.05)，BB基因型产蛋量明显高于AA和AB型(P<0.05)。莱茵鹅群体F3引物的三种基因型与产蛋量也有显著差异(P<0.05)，FF基因型的产蛋量明显低于EE和EF型(P<0.05)，本位点可作为产蛋性状的分子标记。

目录

文摘

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文献综述

引言

1材料与方法

1.1试验材料

1.1.1试验动物

1.1.2菌株与克隆载体

1.1.3药品与酶

1.1.4主要仪器设备

1.2实验方法

1.2.1缓冲液与常规试剂配制

1.2.2引物设计与合成

1.2.3血样基因组DNA的提取及和纯度的测定

1.2.4 GnRH基因的PCR-SSCP

1.2.5 GnRH基因序列克隆和测序

1.2.6统计分析方法

1.2.7 GnRH基因与皖西白鹅产蛋性能间关系的研究

2结果与分析

2.1 GnRH基因5’端调控区及外显子1克隆与测序

2.1.1鹅GnRH基因各片段的PCR扩增

2.1.2皖西白鹅与莱茵鹅GnRH基因5’端调控区序列测定及同源性比较

2.1.3皖西白鹅与莱茵鹅GnRH基因外显子1序列测定

2.2皖西白鹅和莱茵鹅GnRH基因5’端调控区SSCP检测结果

2.2.1皖西白鹅SSCP电泳结果

2.2.2莱茵鹅SSCP电泳结果

2.2.3皖西白鹅和莱茵鹅GnRH基因5’端调控区有多态性片段的测序

2.3 GnRH基因5’区潜在的调控元件及蛋白结合位点的预测

2.4基因群体遗传学分析

2.4.1 GnRH基因频率和基因型频率

2.4.2 GnRH基因Hardy-Weinberg平衡检验

2.4.3 GnRH基因的遗传特性分析

2.4.4不同SNP位点在皖西白鹅和莱茵鹅群体中分布比较

2.5基因多态性位点与鹅产蛋性能的相关性分析

3讨论

3.1鹅GnRH基因序列比较分析

3.2鹅GnRH基因5’突变及其多态性分析

3.3皖西白鹅GnRH基因群体遗传结构分析

3.4鹅GnRH基因型与产蛋性能的相关性分析

4结论

参考文献

附录：本论文中所用缩略词

致谢

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