CPA1、PRSS1基因突变检测及其与慢性胰腺炎相关性研究

摘要

慢性胰腺炎（chronic pancreatitis，CP）是一种胰腺实质性病变，最终可致胰腺内外分泌功能不全。我国CP发病率较低，但近年来有明显上升的趋势，因此明确CP发病机制将有助于对其进行早期诊断及治疗。如今医学、分子生物学和生物信息学等交叉学科不断在发展，已有研究证实CP是由于环境因素和遗传因素联合作用所致。本研究包括两部分内容，分别探讨了四川地区汉族人群慢性胰腺炎CPA1和PRSS1基因突变情况以及CPA1和PRSS1基因与慢性胰腺炎的相关性。
　　本研究在中国四川地区汉族人群中筛查CPA1和PRSS1基因突变，并筛选CPA1和PRSS1基因上标签SNPs位点，以探索CPA1和PRSS1基因与中国四川地区汉族人群CP发病的相关性。
　　运用Sanger直接测序法进行CPA1和PRSS1基因全部外显子区域目的片段的测序。将测序结果通过 UCSC数据库进行在线比对并核准，同时将正常对照组的结果进行同步比对以明确突变的性质（SNP或新发现的突变），并通过SIFT网站预测突变位点的性质，通过千人基因组计划数据库查询突变位点是否为新发现突变。同时通过Haploview软件挑选CPA1和 PRSS1基因上连锁不平衡区域的标签SNP，并用单碱基延伸法（SNaPshot）对上述位点基因型进行检测，再通过 SPSS软件分析其与CP的相关性。
　　本研究在192例CP患者中，共发现CPA1和PRSS1基因突变7例，总突变率3.6％。其中发现3例CPA1基因突变（1.6%，3/192），突变分别为c.281A>G、c.370A>G和c.1074C>T，4例PRSS1基因突变（2.1%，4/192），突变分别为c.44C>T、c.182C>T、c.365G>A和c.486T>C。有1例CP患者同时发生CPA1和PRSS1基因突变（0.5%，1/192），上述突变在正常对照组中均未发现。另外在CP组和对照组中均检测到已报道的 SNPs位点，分别是位于 CPA1基因上的 rs537519042、rs1126899、rs559471767、rs782588903和 rs34875501，位于 PRSS1基因上的 rs745538166和rs376671702。CPA1和PRSS1基因所选5处位点（rs7811409、rs7790688、rs11560388、rs741487和rs6667）基因分型结果均符合Hardy-Weinberg遗传平衡检验（P>0.05）；rs11560388位点AA基因型频率在病例组和对照组中分别为8.9%、4.2%，风险等位基因 A等位基因频率分别为25.3%、17.3%，病例组均高于对照组（P<0.05）；rs741487位点GG基因型频率在病例组和对照组中分别为31.8%、24.6%，风险等位基因 G等位基因频率分别为55.5%、46.5%，病例组均高于对照组（P<0.05）；rs7811409、rs7790688和rs6667位点等位基因及基因型在两组中比较差异均无统计学意义（P>0.05）；进一步遗传模型分析结果显示，rs11560388位点在显性模型[(AG+AA) vs GG]和隐性模型[AA vs(AG+GG)]下病例组的患病风险分别是对照组的1.63倍、2.23倍；rs741487位点在显性模型[(CG+GG) vs CC]中病例组的患病风险是对照组的1.76倍，在隐性模型中两组分布差异无统计学意义。rs7811409、rs7790688及rs6667在两组中遗传模型分布差异均无统计学意义（P>0.05）。
　　首次在中国四川地区汉族人群中发现 CPA1和 PRSS1基因突变，进一步丰富了与CP相关的CPA1和PRSS1基因突变谱。进行CPA1和PRSS1基因与CP的相关性探讨，其中CPA1基因的SNP位点rs11560388和rs741487可能是中国四川地区汉族人群CP的易感基因位点。

目录

声明

第一章 绪 论

1.1 研究背景与意义

1.2 国内外研究历史与现状

1.3 本文主要工作

1.4 本论文的结构安排

第二章 四川地区汉族人群慢性胰腺炎CPA1和PRSS1基因突变筛查

2.1 研究与方法

2.2 结果

2.3 讨论

2.4 本章小结

第三章 四川地区汉族人群CPA1和PRSS1基因与慢性胰腺炎相关性分析

3.1 研究与方法

3.2 结果

3.3 讨论

3.4 本章小结

第四章 结论

4.1 本文的主要贡献

4.2 下一步工作的展望

致谢

参考文献

硕士期间取得的研究成果