鸡MC1R基因的SNPs分析与染色体定位

摘要

黑素皮质素受体1(melanocortin 1-receptor,MClR)基因是控制动物黑色素合成的重要基因.该研究以MClR基因作为控制鸡黑色素合成的候选基因,以中国农业大学的研究黑色素性状的资源家系鸡(由体内有广泛黑色素沉积的丝羽乌骨鸡和无黑色素沉积的明星肉鸡为亲本杂交产生)亲本代和F<,2>代群体为材料,采用单链构象多态(Single-strand Conformation Polymorphism,SSCP)、限制性内切酶片段长度多态(Restriction Fragment Length Polymorphism,RFLP)以及DNA测序的方法,对鸡MClR的整个编码区与5'与3'非编码区进行了单核昔酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)的检测,将检测到的SNPs与鸡黑色素性状的关系进行了分析,以探讨将MClR基因作为控制鸡黑色素沉积的候选基因的可能性.该研究首先利用PCR-SSCP与PCR-RFLP的方法在资源家系群体鸡MClR基因的编码区与5'与3'非编码区检测到4个单核苷酸多态位点,并对该单核苷酸多态性进行了分析,结果显示,鸡MClR基因编码区3个单核苷酸多态位点分别是由第867核苷酸位置处G→A转换,第1292位核苷酸位置处的C→T颠换与第1377核苷酸位置处的C→G颠换引起的,其中G→A(867位)的转换使137位的氨基酸由Ala(A)变为Thr(T),1377核苷酸位置处的C→G颠换导致307位的氨基酸由Arg(R)→Gly(G).5'非编码区的1个SNP是由第191核苷酸位置处的C→A颠换引起的.接下来,该研究进一步对单核苷酸多态性与鸡的肤色、肉色、胫色等黑色素性状进行了卡方独立性分析,结果表明,MClR基因5'非编码区191处的突变与鸡的肤色性状与肉色性状极显著相关(P<0.01),MClR基因867核苷酸位置处的G→A转换与鸡的肤色性状显著相关(P<0.05),第1377核苷酸位置处的C→G颠换与鸡的肉色性状显著相关(P<0.05),第1292核苷酸位置处的C→T转换与鸡的活体胫色性状显著相关(P<0.05).但这几处单碱基突变与其它黑色素性状相关不显著(P>0.05).最后,该研究利用鸡Chick RH6放射杂交板,对MClR基因进行了染色体上的精细定位,结果是把MClR基因定位在鸡第11号染色体末端,位于标记ROS0112(X035)与ADL0033之间的位置.这是迄今为止鸡MClR基因在染色体上的最为精确的定位结果.该研究结果表明,鸡MClR基因的突变与鸡的肤色、肉色、活体胫色这几处鸡身体主要部位的黑色素性状显著或极显著相关,推测MClR基因是控制鸡黑色素沉积的候选基因.

目录

文摘

英文文摘

缩略词

第一章：文献综述

第一节：哺乳动物黑色素沉积机理及其调控基因

1.哺乳动物黑色素沉积的生理机制

2.哺乳动物黑色素合成相关的基因或位点

3.MC1R基因的研究进展

第二节：单核苷酸多态性的研究及其应用

1.SNP的基本概念与特点

2.SNP的检测与分析技术

3.存在的问题

4.SNP的应用及前景

第三节：RH PANEL的研究概况

1. RH的原理

2.RH的发展

3.RH的使用过程

4.现有的RH panels及RH图

5.RH的应用

6.RH的优缺点

第二章：鸡MC1R基因的突变与黑色素性状关系的分析

第一节：材料与方法

1.实验材料

2.实验方法与步骤

第二节：结果与分析

1.鸡MC1R基因编码区的突变与黑色素性状的关系

2.鸡MC1R基因非编码区的突变与黑色素性状的关系

第三节：小结与讨论

1.小节

2.讨论

第三章：鸡MC1R基因在染色体上的精细定位

第一节：材料与方法

1.ChickRH6平板

2.PCR反应

第二节：结果与分析

1.连锁分析的结果

2.染色体定位结果

第三节：小结与讨论

1.小结

2.讨论

第五章结论

参考文献：

致谢

附录

附录1：Primer2扩增放射杂交平板chick RH6杂交系的结果统计

附录2：资源家系鸡F2代群体中MC1R基因引物3扩增片段的基因型结果

附录3：资源家系鸡F2代群体中MC1R基因引物5扩增片段的基因型结果

附录4：资源家系鸡F2代群体中MC1R基因引物52扩增片段的基因型结果