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第一章竹类植物分类与系统进化研究现状
1.前言
2.竹类植物分类与进化研究历史与现状
2.1中国竹类植物研究的历史
2.2用于竹类植物分类的依据与分类系统
2.3中国竹类植物分类研究的现状与存在的问题
2.4竹类植物的分子进化研究
3.序列分析与分子进化研究进展
3.1分子进化的产生与理论
3.2系统树构建方法
3.3中性分析的方法
3.4内含子分子进化分析研究进展
4.MADS-box相关综述
4.1 MADS-box基因家族
4.2竹子MADS-box基因的克隆
5.TB1(teosinte branched 1)基因研究现状
6.MOC1基因研究现状
6.1侧芽分生组织形成机理与相关基因的克隆
6.2MOC1基因在竹类植物中的克隆与意义
7.论文的选题依据与研究的主要内容
7.1论文的选题
7.2论文的主要内容
第二章材料与方法
1.竹种的选取与DNA样品制备
1.1竹种取样
1.2竹子基因组DNA提取
2序列扩增、克隆方法
2.1 MADS1、MOC1和TB1的PCR引物设计与合成
2.2 PCR扩增与回收
2.3 TA克隆
2.4感受态细胞制备与大肠杆菌转化
2.5测序
3序列分析方法
3.1测序列结果读出
3.2密码子使用偏性分析
3.3序列比对
3.4中性分析
3.5系统树构建
第三章结果与分析
1.竹类植物MADS1、MOC1和TB1基因的获取
1.1 PCR扩增与连接转化
1.2竹类植物MADS1基因的初步分析
1.3竹类植物MOC1基因的初步分析
1.4竹类植物TB1基因的初步序列分析
2.竹类植物MADS1、MOC1和TB1基因的序列特征分析
2.1 G+C含量
2.2密码子偏性
2.3 DNA序列变异性
2.4 DNA多态性分析
3.竹类植物MADS1、MOC1和TB1基因的中性检验
3.1 Tajima's D检验和Fu and Li's D*检验
3.2 dN/dS(或Ka/Ks)检验
3.3 HKA分析
4.竹类植物MADS1、MOC1和TB1基因的系统进化分析
4.1竹类植物MADS1编码区与禾本科内近缘物种之间的关系
4.2对所有取样竹种的系统进化分析
4.3对青篱竹属复合群竹种间的亲缘关系的分析
5.竹类植物MADS1基因的长度多态性与系统进化
5.1不同长度的内含子Ⅶ的indels分布
5.2不同长度的内含子Ⅶ之间的系统关系
5.3竹类植物MADS1内含子Ⅶ的可能的进化过程
第四章讨论
1.对竹类植物MADS1、MOC1和TB1是功能基因
2.G+C含量、密码子偏性与竹类植物分类
3.对中性检验的讨论
4.竹类植物的系统进化问题
4.1竹类植物是单系起源的
4.2竹类植物不同类群的进化可能是不平衡的
4.3丛生竹类不一定是最原始的类群
4.4青篱竹属复合群不是单系起源的
4.5刚竹属竹种可能不是单系起源的
4.6非编码序列长度多态性与竹类植物系统进化
5.对竹类植物分类改进与修订的讨论
5.1分子进化信息在竹类植物进化与分类研究中的应用
5.2据竹类植物MADS1、MOC1和TB1的结果对现有属的看法
6.MADS1、MOC1和TB1与竹类植物系统进化与分类
7.根据本研究的结果对竹类植物不同分类依据的评价
7.1以地下茎作为分类的依据是可靠的
7.2秆分枝类型作为分属依据有待进一步证实
7.3秆高和径粗可作为分类依据之一
7.4基因与性状之间的联系与竹类植物分类
7.5竹类植物系统进化和分类研究中应当引入数学分析方法
第五章结论
附件
参考文献
致 谢