不同地区野生锯缘青蟹肠道菌群的分子生态学分析

摘要

锯缘青蟹(Scylla serrata)是我国东南沿海重要的海洋经济蟹类之一。随着养殖规模的扩大，青蟹病害频繁暴发，给养殖生产造成巨大的经济损失。人们通常使用抗生素、化学合成药物等来防治青蟹病害，但长期、大量的使用抗生素不仅破坏肠道正常菌群组成，造成肠道菌群的微生态失调，导致对病原微生物的易感性增加以及细菌耐药性，而且还会在体内残留，严重阻碍了无公害青蟹养殖业的发展。养殖动物肠道内正常的菌群对机体的健康有着重要的影响，它们与宿主间的微生态平衡保证了宿主动物的正常代谢，提高了宿主的免疫抗病力，同时还能为宿主的生长发育提供丰富的维生素等营养物质。因此，由改善肠道菌群、促进动物健康的益生菌制成的饵料添加剂的研究逐渐受到重视，而对青蟹肠道菌群的了解是研究和开发青蟹专用益生菌添加剂的先决条件。
　　 利用DGGE(Denaturing Gradient Gel Electrophoresis，DGGE)技术对七个地区的野生锯缘青蟹的肠道总菌群进行了群落结构分析和比较。对14个样本直接提取其菌群总DNA，用引物BV3-F和BV3-R扩增16S rDNA基因的V3可变区，再结合DGGE技术分析各个样本的群落组成。结果表明，七个地区的青蟹肠道菌群的结构多样性存在较大差异，相似性指数在30％～71％之间，且同一地区雌雄样本的肠道菌群相似性也存在差异。对DGGE图谱中的12条主条带进行回收，测序结果经过Blast比对表明：12个条带代表的细菌分别属于三个不同的细菌类群：变形杆菌(Proteobacterium)、厚壁菌(Firmicutes)和棍状厌氧菌(Anaerorhabdus)，其中7个条带代表的细菌为不可培养的。
　　 利用16S rDNA-DGGE技术对七个不同地区的野生锯缘青蟹的肠道的可培养菌群进行了群落结构分析和比较。对14个样本分别研磨后，用LB培养基进行培养，然后对菌液提取总DNA，再用引物BV3-F和BV3-R扩增可培养菌群的16S rDNA基因的V3可变区，再结合DGGE技术分析各个样本的群落组成。结果表明：七个地区青蟹肠道的可培养菌群的结构多样性存在较大差异，相似性指数在10％～72％之间，且同一地区雌雄样本的肠道可培养菌群的相似性也存在差异。对可培养菌群的DGGE图谱中的6条主条带进行回收，测序结果表明：6个条带代表的细菌主要分为两个不同的细菌类群：变形杆菌(Proteobacterium)和厚壁菌(Firmicutes)。
　　 结论：
　　 1.16S rDNA PCR-DGGE技术在分析青蟹肠道菌群方面比传统培养方法具有显著的优越性；
　　 2.青蟹肠道菌群主要包括变形杆菌(Proteobacterium)和厚壁菌(Firmicutes)两类，这可以为研究锯缘青蟹肠道微生物区系和开发益生菌制剂提供理论依据；
　　 3.不同地区的青蟹肠道总菌群和可培养菌群的结构多样性存在差异；且相似性指数也存在较大差异；
　　 4.同一地区的雌雄青蟹的肠道总菌群和可培养菌群的相似性指数也存在差异。