九孔鲍和近江牡蛎泛素酶(UBE2D和UIP5)的分子生物学和功能研究

摘要

贝类是我国海水养殖业的支柱之一，其中双壳贝类牡蛎和单壳贝类鲍是主要的经济贝类品种。然而，随着养殖产量的增加，养殖规模的扩大，养殖海区环境污染日益严重，病害发生日益频繁，使得贝类养殖遭遇重大损失。泛素化修饰属于蛋白质翻译后修饰，在细胞的各种生命活动进程如细胞周期、信号转导、转录调节、DNA修复、细胞凋亡等中发挥着至关重要的作用。为了探索泛素化修饰在贝类免疫反应及抵御不良环境中的作用与机制，为贝类病害防治提供理论基础，本研究克隆并鉴定了九孔鲍泛素偶联酶UBE2D(Ab-UBE2D)和近江牡蛎泛素连接酶UIP5(Ca-UIP5)，利用现代生物信息学分析手段，结合分子生物学、免疫学、细胞生物学等技术，对贝类泛素—蛋白酶体系统的这两种相关基因的结构和功能进行了研究。
　　 一、九孔鲍泛素偶联酶UBE2D鉴定及功能研究
　　 从LPS刺激后的九孔鲍血淋巴细胞cDNA文库中获取了Ab-UBE2D的全长序列，并进行了分析和鉴定。鲍UBE2D cDNA全长1005bp，包含一个编码147个氨基酸的完整阅读框。编码蛋白含有一个特征性的UBCc催化支架结构域、一个保守的Cys激活位点和21个泛素—盐硫键反应残基，其氨基酸序列与酵母UBC4/5、人UBE2D1-4等基因的编码氨基酸相似度在80％左右。系统进化分析显示，Ab-UBE2D与酵母UBC4/5和人UBE2D等聚为一支，远离其他类型的泛素偶联酶。组织表达分布研究表明:Ab-UBE2D在检测的各个组织中都有表达，在血淋巴细胞、消化腺和鳃中表达量高于其他组织。同时，LPS和Poly I:C刺激均可诱导Ab-UBE2D基因表达水平显著上升，说明Ab-UBE2D具有广泛的生物学功能，在免疫反应中具有积极作用。为了进一步研究Ab-UBE2D的生物学功能，表达和纯化了Ab-UBE2D蛋白，并利用质谱技术进行了鉴定。细胞免疫荧光显示，Ab-UBE2D主要分布在血淋巴细胞的细胞质中。另外，体外泛素化检测分析表明:Ab-UBE2D可以形成通过硫酯键连接的泛素—偶联酶复合物，即具有泛素偶联酶活性，并且这种活性依赖于ATP供能，表明了泛素化修饰在软体动物鲍中的保守性。
　　 二、近江牡蛎UIP5的鉴定及功能研究
　　 从LPS刺激后的近江牡蛎血淋巴细胞cDNA文库中获取了Ca-UIP5全长序列，并进行了分析和鉴定，这是软体动物中UIP5基因的首次报道。牡蛎UIP5cDNA全长1831bp，包含一个编码549个氨基酸的完整阅读框。编码蛋白的中部和后部分别含有一个由74个氨基酸残基组成的U-box保守结构域和一个39个氨基酸残基组成的RING结构域。进一步分析发现，Ca-UIP5编码蛋白与其他模式动物同源物的全长氨基酸序列相似度在22％-29％，保守结构域相似度在41％-50％。系统进化分析显示，Ca-UIP5与人和斑马鱼的同源物聚在一起，与紫海胆和果蝇的同源物距离相对较远。组织表达分布研究表明:Ca-UIP5在各组织中都有表达，在消化腺、血淋巴细胞和鳃中表达量高于其他组织。同时LPS刺激可诱导Ca-UIP5基因表达水平显著上升，说明Ca-UIP5可能直接或间接地参与了机体的各种生物学过程，在免疫反应中具有积极作用。为了进一步研究Ca-UIP5的生物学功能，表达和纯化了Ca-UIP5保守结构域Ca-UD蛋白，并利用质谱技术进行了鉴定。荧光免疫组化显示，外套膜和性腺中Ca-UIP5蛋白主要分布于细胞核以及部分细胞膜上，消化腺中的阳性信号则主要集中在腺细胞的细胞之中，暗示了Ca-UIP5生物学功能及作用机制的多样性。另外，体外泛素化检测发现Ca-UD在有ATP供能的条件下，可以发生泛素化修饰，即具有泛素连接酶活性，表明了泛素化修饰在软体动物牡蛎中的保守性。由于Ca-UD仅为Ca-UIP5的保守结构域部分，这说明Ca-UIP5的连接酶活性是由U-box保守结构域行使的，其C末端RING结构域缺失并不影响其连接酶的功能。
　　 最后，进行了Ab-UBE2D介导的Ca-UD体外泛素化检测，结果发现Ab-UBE2D可以介导Ca-UD泛素化反应的发生，进一步说明了泛素化修饰在贝类不同物种间的保守性。

目录

声明

致谢

摘要

引言

第一部分 文献综述与技术路线

第一章 蛋白质泛素化及其生物学功能

1 蛋白质泛素化的基本过程

2 泛素—蛋白酶体降解系统的组成

3 泛素链形成方式对标记蛋白功能的影响

第二章 泛素偶联酶E2的结构与主要生物学功能

1 泛素偶联酶的结构特征

2．泛素偶联酶的主要生物学功能

第三章 泛素连接酶E3的结构与生物学功能

1 HECT结构域家族连接酶

2 RING结构域家族连接酶

3．U-box结构域家族连接酶

技术路线图

第二部分 九孔鲍泛素偶联酶UBE2D的分子生物学及功能研究

第四章 九孔鲍UBE2D cDNA序列的克隆与分析

1．材料和方法

2 结果

3．讨论

第五章 九孔鲍UBE2D的原核表达、鉴定

1．材料和方法

2．结果

3．讨论

第六章 九孔鲍UBE2D的组织表达分布与亚细胞定位

1．材料和方法

2 结果

3．讨论

第七章 Ab-UBE2D的泛素偶联酶活性及在免疫反应中的作用

1．材料和方法

2 结果

3．讨论

第三部分 近江牡蛎泛素连接酶UIP5的分子生物学与功能研究

第八章 近江牡蛎UIP5 cDNA序列的克隆与分析

1．材料和方法

2 结果

3．讨论

第九章 近江牡蛎UIP5的原核表达、鉴定

1．材料和方法

2．结果

3 讨论

第十章 近江牡蛎UIP5的组织表达与亚细胞分布

1．材料和方法

2 结果

3．讨论

第十一章 Ca-UIP5的泛素连接酶活性及在免疫反应中的作用

1．材料和方法

2 结果

3．讨论

全文小结

1 本研究的主要成果和结论

2 本研究的主要创新点

3 进一步研究方向

参考文献

作者简历