不同品系中华鳖线粒体基因组部分序列SNP分析和种质鉴别

摘要

本研究以浙江省主要养殖的四个品系中华鳖(太湖品系、台湾品系、黄河品系和日本品系)为研究对象，通过对线粒体DNA部分序列进行PCR扩增并对产物进行测序，对测序结果进行比对分析，计算不同品系的遗传多样性参数以及系统发生关系，并筛选各个品系的特异性SNP位点，通过对这些特异性位点进行分类，用不同的SNP分型方法进行分型，以期达到准确鉴别中华鳖种质的目的。具体结果如下：
　　(1)中华鳖遗传多样性和进化关系分析
　　对不同品系中华鳖(每个品系各20只)的16S rRNA全长基因约1608bp左右的片段进行了测序比较分析，结果表明：遗传多样性由高到低依次为太湖品系(0.863)>台湾品系(0.484)>黄河品系(0.195)>日本品系(0.100)；共发现18种单倍型，不同品系之间间均无共享单倍型，表明通过线粒体鉴别不同品系中华鳖具有可行性；MP进化树和遗传距离分析均显示日本品系和黄河品系的亲缘关系较近，台湾品系和太湖品系的亲缘关系较近，分别聚为一支，推测最初引进日本的中华鳖可能起源于黄河流域。
　　(2)不同品系中华鳖线粒体特异性SNP的筛选
　　通过对不同品系中华鳖(每个品系15个个体)线粒体约14000 bp的DNA片段进行测序对比筛选，共筛选出83个特异性 SNP位点，包括太湖品系特异性位点18个，台湾品系特异性位点22个，黄河品系特异性位点24个，日本品系特异性位点19个，在这些特异性位点中有3个特异性限制酶切位点。
　　(3) SNP分型和种质鉴定
　　对筛选出的3个特异性限制酶位点用PCR-RFLP的方法进行分型，结果表明此方法可准确鉴本研究中的4个品系中华鳖。通过设计引物进行 PCR扩增，对扩增产物(含特异性 SNP位点)进行 HRM分型，结果表明15对引物组合可用于分型鉴定，其中1对引物可用于鉴别太湖品系，2对引物可用于鉴别台湾品系，3对引物可用于鉴别黄河品系，1对引物可用于鉴别日本品系，3对引物可同时鉴别太湖品系和台湾品系，1对引物可同时鉴别黄河品系和日本品系，1对引物可同时鉴别太湖品系和黄河品系，3对引物可大致将四个品系分为两组。因此，通过 SNP分型方法可有效鉴别不同品系中华鳖。此外，通过对每个品系各20个个体进行了盲测验证，验证结果与预期结果相一致，表明此方法用与不同品系中华鳖的种质鉴别有很高的可靠性。

目录

封面

声明

中文摘要

英文摘要

目录

引言

1文献综述

1.1中华鳖分类地位及基础生物学特征

1.1.1中华鳖分类地位

1.1.2中华鳖的生物学特性

1.2中华鳖种质资源现状

1.2.1 中华鳖种群分布

1.2.2 野生资源现状

1.2.3我国中华鳖主要养殖品系及特征

1.2.4中华鳖养殖业的发展

1.3主要的遗传标记技术以及在水生动物研究中的应用

1.3.1形态学标记

1.3.2细胞学标记

1.3.3 生化标记

1.3.4分子标记

1.4本研究背景、目的和意义

1.4.1研究背景

1.4.2研究目的及意义

2中华鳖不同养殖品系遗传多样性分析

2.1实验材料

2.2实验方法

2.2.1 基因组DNA的提取

2.2.2 引物设计、PCR扩增和测序

2.2.3数据分析

2.3结果

2.3.1基因组DNA的提取和PCR扩增

2.3.2 DNA序列分析

2.3.3 遗传多样性分析

2.3.4 单倍型遗传距离分析

2.3.5 系统进化分析

2.4讨论

2.5本章小结

3不同品系中华鳖特异性SNP分析

3.1实验材料

3.2实验方法

3.2.1 PCR扩增及SNP的初步筛选

3.2.2 SNP位点分类

3.2.3 SNP分型

3.2.4种质鉴别和盲测

3.3结果

3.3.1 SNP的初步筛选

3.3.2 SNP分型和种质鉴别

3.3.3盲测验证

3.4讨论

3.5本章小结

4结论

参考文献

在 学 研 究 成 果

致谢