临床分离的苍白杆菌种系分析和菌株鉴定的方法学比较

摘要

目的:
　　借助微生物学、生物化学、分子生物学技术，对分离自北京、湖南、广东等地区医院临床标本的58株苍白杆菌进行种系分析和菌株特征鉴定，了解菌株之间的遗传学关系，并评估不同微生物学和基因学鉴定方法的特点，为建立快速、准确和敏感的苍白杆菌属鉴定方法提供依据。
　　方法:
　　收集2012年2月至2013年5月分离于北京、湖南、广州等地医院及1家医学独立实验室的苍白杆菌58株，所有菌株均由Viteck鉴定卡鉴定;进而，运用不同技术平台进行系统研究，包括:形态学观察，生化反应（API、Viteck鉴定卡），基因测序分析（16S基因、recA基因、16-23S内部转录间隔区），脉冲场凝胶电泳，随机引物PCR扩增等。对所得数据进行综合分析，构建系统进化树，对可疑新种进行DNA-DNA杂交，确定这些临床菌株的遗传学关系、菌株特征和基因型，并进行方法学比较。
　　结果:
　　本研究涉及的58株人苍白杆菌，均经过Viteck鉴定卡初步鉴定;通过基因测序分析，确定32株为苍白杆菌属，包括17株人苍白杆菌，9株中间苍白杆菌，4株假贵格纳苍白杆菌，1株嗜血苍白杆菌和1株可疑的新种;药敏分析显示苍白杆菌属对青霉素类和头孢菌素类耐药率高，人苍白杆菌和中间苍白杆菌对氨基糖苷类表现出不同的耐药性。根据16S基因、recA基因、16-23S内部转录间隔区测序结果构建进化树，可将苍白杆菌进行区分。对测序鉴定的26株解糖精假苍白杆菌进行脉冲场凝胶电泳和随机引物PCR扩增，结果显示出较好的一致性。
　　结论:
　　1.API、Viteck鉴定卡对苍白杆菌鉴定不够准确，基因测序法可准确鉴定苍白杆菌属到种的水平。
　　2.药敏分析结果表明苍白杆菌属对青霉素类、头孢菌素类耐药率高，人苍白杆菌和中间苍白杆菌对氨基糖苷类药物敏感率存在明显差异。
　　3.种系分析显示16S、recA、16-23S ITS进化树对于菌株的辨识度不同，但均可区分人苍白与中间苍白杆菌。
　　4.脉冲场凝胶电泳和随机引物PCR扩增在监测院内感染暴发流行方面具有重要意义。

目录

声明

摘要

缩略语／符号说明

前言

研究现状、成果

研究目的、方法

材料和方法

1 主要仪器与试剂

2 菌株

3 生化鉴定及药敏分析

4 PCR鉴定

4．1 细菌基因组DNA的提取

4．2 基因分析引物

4．3 PCR扩增方法

4．4 PCR产物的DNA测序以及基因序列分析

5 脉冲场凝胶电泳分析

5．1 脉冲场凝胶电泳

5．2 PFGE同源性分析

6 随机引物扩增

结果

1 菌株生化反应与基因鉴定结果

2 菌株16S、RecA、ITS基因鉴定结果

3 苍白杆菌属细菌菌株药敏结果

4 解糖精假苍白杆菌PFGE结果及RAPD分析结果

讨论

1 菌株生化反应与基因鉴定

2 菌株16S、RecA、ITS进化树

3 苍白杆菌属细菌菌株药敏分析

4 解糖精假苍白杆菌PFGE及RAPD分析

5 不同鉴定方法的特点比较

结论

参考文献

发表论文和参加科研情况说明

综述 细菌的分类鉴定及布鲁菌错误鉴定为苍白杆菌的原因分析

致谢