常见尿路感染致病菌液相芯片检测方法的建立

摘要

病原微生物侵犯尿路组织或者粘膜，就可引发膀胱炎或者肾盂肾炎，造成尿路感染。尿路感染严重威胁人类的健康。引发尿路感染的病原菌种类不定，具有地域差别。因此建立一种快速、特异、灵敏的检测方法用于病原菌检测，对于尿路感染疾病的诊断和治疗有着显著的意义。
　　 目前，针对尿路感染病原菌的检测方法主要有生化鉴定、血清学检测和分子生物学检测等。这些现有的检测方法有的耗时较长、步骤繁琐，有的特异性不强，有的灵敏度很差。本研究采用液相芯片技术对病原菌进行检测。由于液相芯片技术是新型的分子生物学操作平台，液相的反应系统有利于保护生物分子的构象，极大提高了检测的灵敏度和准确性。
　　 本研究针对引起尿路感染的十种常见病原菌，以肺炎克雷伯菌、铜绿假单胞菌、奇异变形杆菌、金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、腐生葡萄球菌的ITS间区序列，尿路感染大肠杆菌的papG基因，粪肠球菌的ace基因、阴沟肠杆菌的gyrB基因，屎肠球菌的sodA基因为靶序列，分别设计特异性探针，并经过被检测细菌种内和近源种间的特异性实验筛选，最终建立了一套液相芯片检测系统。经过不断优化检测条件，该检测系统的DNA灵敏度可达到0.01 ng。后续的实验也进一步验证了该系统的准确性和可实用性。
　　 本研究建立的检测尿路感染常见病原菌的液相芯片检测系统，操作简便，灵敏度高，特异性强，准确性好。为尿路感染致病菌检测和鉴定的研究提供了技术和理论参考，由于实用性良好，检测体系还可用于医学检验和卫生监督等领域。

目录

声明

摘要

第一章 引言

第一节 研究背景

1．1．1 尿路感染常见致病菌以及检测方法

1．1．2 液相芯片检测技术

1．1．3 ITS间区序列和一些特异基因简介

第二节 研究目标、内容和创新性

1．2．1 研究目标

1．2．2 研究内容

1．2．3 本研究工作的创新性

第二章 材料与方法

第一节 实验材料

2．1．1 实验菌株

2．1．2 引物与探针

2．1．3 主要的酶与试剂

2．1．4 主要耗材

2．1．5 培养基

2．1．6 实验仪器

2．1．7 软件

第二节 实验方法

2．2．1 尿路感染液相芯片病原菌检测范围的确定

2．2．2 引物的设计与合成

2．2．3 探针的设计与合成

2．2．4 微球的偶联

2．2．5 细菌基因组DNA提取方法

2．2．6 液相芯片检测体系和优化

2．2．7 芯片性能评价

第三章 结果与分析

第一节 引物和探针的筛选

3．1．1 引物的筛选

3．1．2 探针的筛选

第二节 检测体系的优化

3．2．1 引物浓度的优化

3．2．2 扩增标记方式的选择

3．2．3 PCR条件的摸索

3．2．4 杂交条件的优化

第三节 芯片性能评价

3．3．1 特异性实验

3．3．2 灵敏度实验

3．3．3 双盲实验

3．3．4 模拟样品和实际样品实验

第四章 讨论

第一节 靶基因的选择

第二节 探针的设计和筛选

第三节 靶序列的扩增和标记

第四节 杂交系统

第五节 液相芯片技术在病原微生物检测中的应用前景和存在的问题

第五章 结论

参考文献

致谢

个人简历 在学期间发表的学术论文与研究成果