长江口及其南部邻近地区大弹涂鱼的遗传结构和种群历史分析——兼述中国弹涂鱼属一新纪录种—大鳍弹涂鱼

摘要

大弹涂鱼(1Boleophthalmus pectinirostris)隶属于鲈形目、虾虎鱼科、背眼虾虎鱼亚科，分布于中国、日本和朝鲜半岛，是一种重要的经济鱼类。目前对它的研究多集中于形态、生理生化、人工繁育等方面，而对它遗传背景的了解较少。本研究通过对线粒体细胞色素b基因测序分析，对长江口及其南部邻近地区大弹涂鱼的遗传结构及其群体历史进行了研究。 本研究从上海九段沙、浙江定海、慈溪、福建霞浦4个地区的42尾大弹涂鱼样本中获得33个1141bp细胞色素b基因全序列单倍型，并分析了其遗传多样性。结果显示，长江口及其南部邻近地区的大弹涂鱼遗传多样性较高，但群体间分化程度较低，基因交流频繁。表现在群体分化指数较低(0.00043～0.07814)，而基因流值Nm较高(14.50～30.79)以及仅有很少的变异(1.93％)是来自于群体间。而群体间的遗传距离尚未达到种群的级别，邻接法构建的系统发育树和网状亲缘关系图显示各采样点大弹涂鱼群体并未形成各自的单系群，表明长江口及其南部邻近地区的大弹涂鱼是属于同一个种群且正处于谱系重排阶段。 系统发育树和网状亲缘关系图都显示，大弹涂鱼细胞色素b全序列单倍型形成了序列差异较大的两个分支，序列差异为1％，显示大弹涂鱼历史上曾经出现过分化；根据分支间序列差异值1％-2.5％/百万年的细胞色素b分子钟，推测两分支的分化时间大约为0.5-0.2.百万年：我们推测，更新世的冰川作用可能是造成大弹涂鱼分化的主要原因。 高的单倍型多样性 h(h=0.9814±0.0118)和低的核苷酸多样性π(π=0.0048±0.0026)，网状亲缘关系图呈非典型星状排列，错配分布图上呈一条单峰型曲线，以及Tajima的D中性检验上呈现显著负值都表明长江口及其南部邻近地区大弹涂鱼历史上可能由于受到过

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第一章前言

1.1历史生物地理学

1.1.1历史生物地理学的原理

1.1.2历史生物地理学的分析方法

1.2分子系统发育地理学

1.2.1分子系统发育地理学的研究内容

1.2.2分子标记的选择

1.2.3常用的分析推断方法

1.2.4分子系统发育地理学的应用

1.3利用分子钟推测分歧年代

1.4大弹涂鱼的研究背景

1.5本研究的目的和意义

第二章长江口及其南部邻近地区大弹涂鱼的遗传结构分析

2.1引言

2.2材料与方法

2.2.1实验材料

2.2.2外类群的选择

2.2.3实验器材

2.2.4基因组DNA的提取

2.2.5 PCR扩增

2.2.6 DNA纯化和回收(UNIQ-10柱式胶回收试剂盒)

2.2.7序列测定

2.3数据分析

2.4结果

2.4.1序列分析

2.4.2聚类分析(NJ tree)

2.4.3群体遗传结构和AMOVA层次分析

2.4.4单倍型网状亲缘关系图

2.4.5错配分析(mismatch distribution)

2.5讨论

2.5.1群体遗传结构

2.5.2群体历史

2.5.3保护建议

2.5.4小结

2.5.5本研究中有待改进的地方

第三章中国弹涂鱼属一新纪录种—大鳍弹涂鱼的确定

3.1引言

3.1.1弹涂鱼属鱼类概况

3.1.2此前我国已报道分布的弹涂鱼属鱼类

3.2材料与方法

3.2.1标本的采集

3.2.2 DNA的提取

3.2.3 PCR扩增产物纯化与测序

3.3特征描述

3.3.1形态特征描述

3.3.2 Cyt b基因序列分析

3.4讨论

3.4.1大鳍弹涂鱼与弹涂鱼的形态区别

3.4.2大鳍弹涂鱼与弹涂鱼Cyt b基因序列上差异

3.4.3大鳍弹涂鱼在中国的分布

3.5小结

参考文献

小 结

致谢