基于形态学和SLAF-seq技术对四川地区中华蜜蜂多样性分析

摘要

四川地区地形结构复杂多样，地域面积宽广，蜜源植物物种丰富，气候复杂，造就了丰富的蜜蜂种质资源。本研究利用形态特征标记和基于SLAF-seq技术的DNA标记两种方法对四川地区43个区县的129群中华蜜蜂种质资源进行系统地调查，通过对四川地区中华蜜蜂的遗传资源多样性进行分析，为四川地区中华蜜蜂种质资源的多样性的鉴定、保护和生产利用提供重要依据。主要结果如下:
　　1.形态特征多样性分析
　　试验以四川地区中华蜜蜂19项形态指标进行分析，发现部分地区中蜂形态特征值之间存在极显著性差异(P＜0.01);19项形态指标相关分析发现肘脉指数、胫节长、股节长、基跗节宽和蜡镜长分别与其他部分指标没有相关性(P＞0.05)，其余形态指标相互之间存在显著相关(P＜0.05);形态指标直接聚类和主成分聚类分析一致，结果显示四川地区中华蜜蜂分布明显聚为3大类，阿坝州地区中蜂、甘孜州地区中蜂和四川其他样点地区中蜂。判别分析结果与聚类分析结果一致，阿坝州地区中蜂类型分布较为集中且与四川省其他各地区分化较明显，甘孜州地区中蜂与阿坝地区中蜂差异较大，部分单独聚集在一起且与四川省其他各地区分化较远，四川盆地和凉山州（攀枝花）大部分地区中华蜜蜂样本种群聚在一起。结果表明不同地理环境能影响中蜂的形态特征。
　　2.DNA多样性分析
　　试验以四川省38个样点蜜蜂为主要研究对象，利用SLAF-seq简化基因组测序技术，经测序共获得74M读长数据，本试验共获得268631个SLAF标签，标签的平均测序深度为253.24x，其中，多态性SLAF标签有189234个，共获得1018013个SNP标记。群体遗传学分析发现，四川地区中蜂从分子水平上明显分为六个种群:阿坝种群、甘孜1种群、甘孜2种群、凉山攀枝花种群、四川盆地种群和合江种群。其中甘孜州地区中蜂多态性SNP位点和阿坝中蜂以及四川盆地其他地区的中蜂有显著的差异，具有分化的可能性;阿坝中蜂建立了保护区，其中蜂蜂种资源得到一定保护，与其他地区中蜂的基因交流较少，保持了其独特的种群特征。

目录

声明

符号说明

第一章绪论

1．1蜜蜂形态特征与遗传多样性研究进展

1．2 SLAF-seq简化基因组测序技术

1．2．2 SLAF-seq简化基因组研究现状

1．3蜜蜂遗传多样性研究方法概况

1．3．1研究蜜蜂多样性的形态学方法

1．3．2研究蜜蜂多样性的分子生物学方法

1．4四川地区中华蜜蜂研究现状

1．4．1四川地区中华蜜蜂分布现状

1．4．2四川地区中华蜜蜂遗传多样性研究进展

1．5目的及意义

第二章四川地区中华蜜蜂形态标记多样性分析

2．1材料与方法

2．1．1采样

2．1．2实验仪器和工具

2．1．3形态指标测量

2．1．4数据统计与分析

2．2形态指标结果与分析

2．2．1四川地区中华蜜蜂形态测定值

2．2．2四川地区中华蜜蜂形态指标因子分析

2．2．3四川地区中华蜜蜂形态指标相关性分析

2．2．4四川地区中华蜜蜂形态指标主成分分析

2．2．5四川地区中华蜜蜂形态指标聚类分析

2．2．6四川地区中华蜜蜂形态指标判别分析

2．3小结

2．3．1形态指标

2．3．2四川地区中华蜜蜂形态指标分类

第三章基于SLAF-seq方法对四川地区中蜂进行群体遗传结构分析构分析

3．1材料与方法

3．1．1试验材料

3．1．2全基因组DNA提取

3．1．3酶切建库

3．2结果与分析

3．2．1建库评估

3．2．2测序数据统计

3．2．3 SLAF标签

3．2．4 SNP标记的开发

3．3遗传进化分析

3．3．1系统进化分析

3．3．2遗传结构分析

3．3．3 PCA分析

3．4小结

第四章讨论

4．1四川地区中华蜜蜂形态标记多样性

4．2四川地区中华蜜蜂基于SLAF-seq技术的DNA标记多样性

4．3四川地区中华蜜蜂的遗传分化情况

第五章结论

参考文献

附件

致谢

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