鼠疫耶尔森氏菌布氏田鼠疫源地菌株91001全基因组序列测定及初步分析

摘要

背景:鼠疫耶尔森氏菌是烈性传染病鼠疫的病原体,曾给人类带来了巨大的灾难.该文报道了对人不致病的鼠疫耶尔森氏菌布氏田鼠疫源地菌株91001全基因组序列,并进行了比较基因组学分析和初步的蛋白质组学研究.方法:采用全基因组鸟枪法测定91001菌株的全基因组序列,利用比较基因组方法对91001与另两株鼠疫耶尔森氏菌(CO92和KIM)的全基因组进行比较研究;同时针对一些有意义的基因在多株鼠疫耶尔森氏菌的中国分离株中进行了验证;并在基因组研究的基础上开展了初步的蛋白质学研究.结论:根据质粒结构,染色体基因组重排,硝酸盐还原阴性的机制以及假基因的分布等信息,我们推测以91001菌株为代表的布氏田鼠型和青海田鼠型菌株是原始鼠疫耶尔森氏菌进化过程中的另一个分支,与现有菌株存在比较明显的差异;而91001菌株独特的致病性可能与其基因组中缺失的大片段或假基因有关.

目录

摘要

Abstract

本研究中的缩略语

第一部分引言

1.世界鼠疫流行概况

2.中国鼠疫流行情况

3.鼠疫耶尔森氏菌病原学

4.细菌基因组学研究

5.鼠疫耶尔森氏菌91001菌株的一般特征

第二部分91001菌株基因组序列测定及分析

1.材料与方法

1.1.材料

1.2.方法

2.结果与讨论

2.1.91001菌株的再鉴定结果

2.2.鸟枪法测序结果

2.3.完成图的绘制

2.4.91001基因组分析

2.5.部分基因的验证

2.6.IS介导基因组重排模式探讨

2.7.蛋白质组学分析结果

2.8.91001菌株进化地位的探讨

2.9.鼠疫耶尔森氏菌致病性的探讨

第三部分结论

参考文献

附表1

附表2

附表3

附表4

附表5

鼠疫耶尔森氏菌基因组结构与毒力相关基因

前言

基因组结构

结语

参考文献

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致谢