利用分子标记进行8种鲇形目鱼类系统发育的研究

摘要

本实验提取了黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco)、江黄颡鱼(Pelteobagrus vachellii)、光泽黄颡鱼(Pelteobagrus nitidus)、长吻鮠(Leiocassis longirostris)、斑鳠(Mystus guttatus)、革胡子鲇(Clariasgariepinus)、鲇鱼(Silurus asotus)、斑点叉尾鮰(Ictalurus punctatus)8种鲇形目(Siluriformes)鱼类的总DNA，通过分析Genbank中其他鱼类核糖体DNA和线粒体DNA序列的保守性，设计了扩增鲇形目鱼类18S、ITS、D-loop和12S基因的引物，经克隆测序获得了8种实验鱼18S、ITS、D-loop和12S基因的序列，并对测定的序列进行拼接和网上同源性检测，确定序列的边界及长度。
　　 结合GenB ank中双须缺鳍鲇(Kryptopterus bicirrhis)、脂鳍胡鲇(Dinotopterus cunningtoni)、长臀鮠(Cranoglanis bouderius)和牛头鮰(Liobagrus obesus)的同源序列进行比较分析，得到如下数据：8种实验鱼和参考物种双须缺鳍鲇、脂鳍胡鲇的18S序列长度为1814-1843 bp，同源性达97％以上；ITS1-5.8S-ITS2序列长度为757-1231 bp，同源性为43.43-93.51％，江黄颡鱼与长吻鮠的同源性最高，黄颡鱼与脂鳍胡鲇的同源性最低；8种实验鱼和参考物种长臀鮠和牛头鮰的D-loop序列长度为878-1092bp，同源性为65.01-94.83％，光泽黄颡鱼和长吻鮠的同源性最高，革胡子鲇和牛头鲴的同源性最低；12S序列长度为947-956bp，同源性为87.05-97.48％，光泽黄颡鱼和长吻鮠的同源性最高，斑点叉尾鮰和牛头鮰的同源性最低。
　　 以鲤鱼(Cyprinus carpio)的同源序列为外群，采用邻接法构建系统发育树，通过对4个基因的系统树进行综合分析，得出以下结论：ITS、D-Ioop和12S都适合探讨鲇形目科以下水平的系统发育关系，18S和ITS适合探讨鲇形目科间系统发育关系。在本文涉及的鲿科鱼类中，长吻鮠、光泽黄颡鱼、江黄颡鱼三者关系最近，三者与黄颡鱼关系较远，与斑鳠关系最远。在本研究涉及的几个科中，胡子鲇科与鲇科亲缘关系很近，两者与鲿科关系较远，这三科与鲴科、长臀鮠科关系最远，鮰科和长臀鮠科关系很近。胡鲇科中胡鲇属和脂鳍胡鲇属是关系很近的两个属。

目录

文摘

英文文摘

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引言

第一章 文献综述

1 分子标记在水产动物系统分类中的应用

1.1 常用的分子标记和研究方法

1.2 核糖体DNA的在系统分类中的应用

1.3 线粒体DNA在系统分类中的应用

2 几种系统发育树的构树方法介绍

2.1 构建系统发育树的方法

2.2 系统发育树的可靠性检验

2.3 系统发育分析的常用软件

2.4 总结

第二章 利用核糖体DNA揭示8种鲇形目鱼类的系统发育

1 材料与方法

1.1 材料

1.2 实验方法

2 结果与分析

2.1 序列长度与GC含量

2.2 进化关系的分析

3 讨论

第三章 利用线粒体DNA揭示8种鲇形目鱼类的系统发育

1 材料与方法

1.1 材料

1.2 实验方法

2 结果与分析

2.1 序列长度与GC含量

2.2 进化关系的分析

3 讨论

3.1 鲿科科内关系

3.2 胡鲇科科内关系

3.3 科间关系

小结

参考文献

附录1 18S基因序列比对结果

附录2 ITS1-5.8S-ITS2基因序列比对结果

附录3 D-loop区基因序列比对结果

附录4 12S基因序列比对结果

附录5 实验试剂及配置

致谢