丙型肝炎病毒内部核糖体进入位点的三级结构研究

摘要

丙型肝炎病毒(hepatitisCvirus)的基因组是大约9.5kb的单链RNA,它能编码一个含有3000个氨基酸的蛋白质;它的基因组很复杂,现在已经知道有6种基因型和100种亚基因型,这些基因型的同源性少于65％,但这些基因型的5'—非翻译区域的同源性大于85％,其中内部核糖体进入位点(InternalRibosomeEntrySiteIRES)的序列几乎完全保守。IRES坐落于mRNA的5'—非翻译区域(5'—UTR),它能启动不依赖帽式结构病毒翻译的开始。
　　 现在人们已经知道了IRES的一级结构和二级结构,并且知道它的一级结构和二级结构对HCV翻译起始很重要。虽然还不完全知道它的三级结构以及相关功能,但是已经知道它的三级结构形成与离子浓度、温度和RNA的浓度有关。
　　 IRES包括390个碱基,由一系列的连接点(junctions)、环(loops)和茎(stems)组成,可大致分为4个结构域和2个相互独立的结构群。IRES的三级结构也许就是由这些结构域相互作用形成的。目前人们已经用冷冻电镜法、结晶法、X-衍射法和核磁共振等方法对IRES的三级结构做了一些研究,但这些方法都有各自的局限性,而且有时产生了不一致甚至相反的结果,这很可能是IRES在形成三级结构的过程中它的空间构象是不断变化的。
　　 本课题首先设计实验中所用的HCVIRES的有关序列、合成并纯化设计的DNA序列、应用体外转录法得到RNA序列并纯化此RNA序列、去磷酸化所有RNA序列并标记部分RNA序列,然后研究在不同的离子浓度、不同的RNA浓度以及不同的温度条件下,IRES的结构域Ⅲ(domainⅢ)的连接点(junction)在不同的位置对结构域Ⅲ形成的影响、不同大小的结构域Ⅱ与完整的结构域Ⅲ和不完整的结构域Ⅲ的相互作用以及结构域Ⅲ的连接点中有点突变时对结构域Ⅲ形成的影响。