摘要
Abstract
第一章 绪论
1.1 生物信息学概述
1.2 生物学背景知识
1.3 转录因子结合位点预测方法的研究现状
1.3.1 研究目的和意义
1.3.2 研究方法
1.3.3 现有算法的不足和问题
1.4 本文的主要工作与安排
第二章 转录因子结合位点表示方法
2.1 共有序列
2.2 序列标识
2.3 位置权重矩阵
2.4 总结
第三章 蛋白质-DNA结构模型综述
3.1 引言
3.2 蛋白质-DNA结构模型介绍
3.2.1 化学键配对结构模型
3.2.2 原子配对自由能结构模型
3.2.3 DNA分子形变自由能结构模型
3.3 结构模型对传统序列比对预测算法的改进
3.4 模型比较
3.4.1 蛋白质研究对象适用性
3.4.2 DNA随机序列集合的搜索计算复杂性
3.5 结构模型未来发展方向
3.5.1 模型的集成方法
3.5.2 DNA随机序列搜索算法优化
3.5.3 更广泛的结构特征应用
3.6 总结与展望
第四章 基于蛋白质-DNA结构模型的转录因子结合位点预测算法
4.1 引言
4.2 方法
4.2.1 氢键自由能
4.2.2 DNA分子形变自由能
4.2.3 构建氢键配对特征和DNA形变特征位置权重矩阵
4.2.4 基于原子聚类模型的位置权重矩阵
4.2.5 转录因子结合位点位置权重矩阵
4.3 实验
4.3.1 平均权重参数下算法性能比较
4.3.2 权重参数优化问题
4.3.3 计算最优权重参数
4.3.4 回文特点转录因子的权重参数优化
4.3.5 HTH家族转录因子的权重参数优化
4.3.6 实验结果总结
4.4 总结与展望
第五章 结束语
5.1 论文的主要成果
5.2 问题与展望
参考文献
硕士期间发表论文
致谢
