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MASTER THESIS
A MULTIPLEX PCR PRIMERS DESIGNING SYSTEM FOR TARGE
ABSTRACT
绪论
1研究背景
1.1靶向测序技术简介
1.2多重PCR引物设计软件研究进展
2研究的目的与意义
3系统开发环境介绍
3.2软件配置
4本文的组织结构
第一章序列获取自动化
1.1序列获取所需数据库的建立
1.2序列获取步骤的原理及过程
1.3序列获取模块准确性验证
1.4总结
第二章多序列候选引物设计
2.1多重PCR引物设计的研究现状
2.2引物溶解温度Tm计算
2.3 PCR引物设计参数设定
2.3.2引物溶解温度Tm
2.3.3引物GC含量
2.3.4引物3′末端稳定性
2.3.6引物间3′末端最小碱基数
2.4多序列候选引物设计步骤的原理及过程
2.5多序列引物设计模块中目标区域覆盖度
2.6总结
第三章引物分组功能实现
3.1 PCR引物评估软件研究现状
3.2使用MultiPLX进行引物分组的原理及过程
3.2.1目标序列最小引物覆盖组获取
3.2.2 MultiPLX软件分组及结果分析
3.3基于primer3-py热力学比对函数的引物分组模块的原理及过程
3.3.1引物分组模块的原理及过程
3.3.2 primer3-py热力学参数设置
3.3.3基于primer3-py热力学比对函数的罚分方法及引物分组实例
3.4总结
第四章软件评估及软件更新
4.1软件评估
4.1.1荧光定量PCR
4.1.2二代测序结果分析
4.1.3总结
4.2软件跟新
4.2.1升级python与MySQL数据库的连接方式
4.2.2升级primer3-py引物设计函数输出的解析方式
4.2.3使用Web页面方式来进行引物设计
第五章总结与展望
5.1总结
5.2展望
致谢
参考文献
附录
附录1
附录2
附录3
