布莱凯特肉牛H-FABP基因的序列测定与序列分析

摘要

[目的]:
　　 心脏脂肪酸结合蛋白由心脏脂肪酸结合蛋白（H-FABP）基因所编码，主要在畜禽的心肌、骨骼肌和乳腺中表达。心脏脂肪酸结合蛋白(H-FABP)基因是肌内脂肪的候选基因，它能影响肌内脂肪(IMF)的含量，对牛肉的肉质品质具有重要作用。本试验以布莱凯特肉牛为研究对象，对其H-FABP基因进行测序和序列分析，为进一步开展布莱凯特肉牛H-FABP基因与肉质性状的相关分析，进行标记辅助选择及基因定位研究提供理论基础。
　　 [方法]:
　　 根据GenBank发表的牦牛心脏脂肪酸结合蛋白基因（H-FABP）的序列设计13对引物，分13段扩增出布莱凯特肉牛H-FABP基因，对各个片段进行克隆测序，使用生物信息学软件对各个片段的测序结果进行拼接，得到布莱凯特肉牛心脏脂肪酸结合蛋白(H-FABP)基因的全序列，同时进行序列分析，并对其基因的分子特性进行预测分析。使用MEGA4.0软件进行系统进化树的构建。
　　 [结果]:
　　 布莱凯特肉牛的心脏脂肪酸结合蛋白(H-FABP)基因(Genebank登陆号:FJ756345)是由4个外显子（依次为73bp、173bp、102bp和54bp）和3个内含子（3463bp、1892bp和1494bp）组成。其核苷酸编码序列(CDS)为402bp，编码133个氨基酸。布莱凯特肉牛与牦牛、普通牛、山羊、猪、马、人、大鼠、小鼠和鸡9个物种之间的同源性大小依次为99.3％、99.0％、96.3％、92.5％、89.8％、88.3％、83.8％、82.8％、75.6％，其氨基酸的同源性为99.2％、99.2％、96.2％、93.2％、91.7％、88.7％、86.5％、86.5％、77.4％。系统发生树将这些物种总体上分成2支，鸡为独立的一支，布莱凯特肉牛、牦牛、普通牛、山羊、猪、马、人、大鼠、小鼠为另一独立的大分支。
　　 [结论]:
　　 1.布莱凯特肉牛的心脏脂肪酸结合蛋白（H-FABP）基因是由4个外显子（依次为73bp、173bp、102bp和54bp）和3个内含子(3463bp、1892bp和1494bp)组成。其核苷酸编码序列(CDS)为402bp，编码133个氨基酸。
　　 2.布莱凯特肉牛与牦牛心脏脂肪酸结合蛋白（H-FABP）基因全序列比较发现有41处碱基的变化。并且在内含子部分有碱基的插入和缺失，1415、1628、1808、2441和3436各位点后出现了碱基的插入（插入的碱基分别为T、C、A、A和A），852、2444、7043位点出现了碱基的缺失（缺失的碱基分别为A、G、G）。
　　 3.布莱凯特肉牛与牦牛和普通牛相比，在氨基酸序列50位处发生了氨基酸的变异，布莱凯特肉牛为异亮氨酸，牦牛和普通牛为缬氨酸，这是由其编码核苷酸序列148处(G→A)产生的，造成了布莱凯特肉牛与牦牛和普通牛在氨基酸水平上的差异。
　　 4.分析10个物种核苷酸和氨基酸的同源性，分别介于75.6％-99.3％和77.4％-99.2％之间，表明H-FABP基因和氨基酸序列保守性较高。系统发生树将这些物种总体上分成2支，鸡为独立的一支，布莱凯特肉牛、牦牛、普通牛、山羊、猪、马、人、大鼠、小鼠为另一独立的大分支，符合物种进化规律。

目录

摘要

英文缩写词表

前言

文献综述

1 国内外肉牛研究情况

1．1 我国肉牛的研究现状

1．2 国际肉牛业的发展

1．3 布莱凯特肉牛简介

2 脂肪酸结合蛋白(FABP)的研究进展

2．1 脂肪酸结合蛋白(FABP)的发现

2．2 脂肪酸结合蛋白家族的概述

2．3 脂肪酸结合蛋白(FABP)的功能和生理性能

3 心脏脂肪酸结合蛋白(H-FABP)基因

3．1 心脏脂肪酸结合蛋白(H-FABP)基因概述

3．2 心脏脂肪酸结合蛋白(H-FABP)基因及其定位

3．3 心脏脂肪酸结合蛋白(H-FABP)基因对肉质的影响

3．4 心脏脂肪酸结合蛋白(H-FABP)研究前景及意义

4 生物信息学及其研究现状

4．1 生物信息学的概念

4．2 生物信息学发展简介

4．3 生物信息学的研究内容

4．4 生物信息学在畜禽基因组研究中的应用

试验一 布莱凯特肉牛H-FABP基因的扩增

1．材料与方法

2 结果与分析

3 讨论

试验二 目的基因的克隆与序列测定

1．材料与方法

2 结果与分析

3 讨论

试验三 布莱凯特肉牛H-FABP基因的序列分析

1．材料与方法

2 结果与分析

3 讨论

结论

参考文献

附录

致谢

声明