单卵双胞胎银屑病患者外周血T细胞存在差异表达基因

摘要

[目的]
　　 通过对单卵双胞胎银屑病患者外周血T细胞进行研究，以寻找与银屑病发病相关的差异表达基因，进一步阐明银屑病作为一种T细胞介导的免疫性皮肤病这一论点提供依据。
　　 [方法]
　　 1、采用密度梯度离心法分离单卵双胞胎银屑病患者、男性正常对照组以及特应性皮炎患者外周血T细胞，通过培养扩增T细胞，用流式细胞仪鉴定T细胞纯度。
　　 2、提取总RNA，纯化及反转录合成双联cDNA。
　　 3、制备Tag并测序。
　　 4、据参考基因数据库，利用软件生成参考标签数据库，将CleanTag与参考标签数据库作比，对其中唯一比对到一个基因的标签进行基因注释。
　　 5、参照数字化基因表达谱差异基因检测方法，筛选样本之间的差异表达基因。
　　 6、计算每个term的基因数目，然后应用超几何检验，找出与整个基因组背景相比，在差异表达基因中显著富集的GeneOntology条目。
　　 [结果]
　　 1、T细胞培养扩增以后，抽取2-3×106细胞进行流式细胞术纯度检测，鉴定T细胞纯度达96.47％。
　　 2、Tag测序筛选出了340-360万个CleanTag，其中约47.65％-51.71％CleanTag唯一比对到一个基因，约18.52％～24.21％Tag比对到一个基因位置。
　　 3、经过分析，共注释到9449个基因，其中P1与P2相比较在表达上无差异的基因有5438个，P3与N2相比较在表达上存在差异的基因有2432个；差异表达基因在同时患病双胞胎中占全部表达基因的57.55％，在不同时患病双胞胎中占全部表达基因的25.74％，表明不同时患病双胞胎基因表达差异率明显高于同时患病组；银屑病组与对照组相比较在表达上存在差异的基因有105个；且与特应性皮炎组比较在表达上存在差异的基因有40个，表达上调的基因有24个。
　　 4、单卵双胞胎银屑病组与对照组且与特应性皮炎组三者同时比较存在的差异表达基因40个，其中，表达下调最低基因25763，以及其余未列入表格的基因，则是只定位到染色体的位点，还未有具体医学意义。
　　 5、单卵双胞胎银屑病患者外周血T细胞趋化因子受体7表达上调，程序化细胞死亡分子6表达下调，推测细胞周期蛋白依赖性激酶抑制蛋白2B表达下调与细胞周期蛋白A2表达上调成负相关性。
　　 [结论]
　　 在外周血T细胞中，单卵双胞胎银屑病患者存在差异表达基因，可能与银屑病患者外周血T细胞活性异常有关。进一步研究T细胞差异表达基因与银屑病发病过程中T细胞特殊免疫效应的产生密切相关。

目录

声明

缩略词表

前言

第一章 材料与方法

1．1 标本来源

1．2 主要试剂

1．3 主要仪器设备

1．4 实验方法

1．4．1 单卵双胞胎的鉴定

1．4．2 外周血T细胞的分离及培养

1．4．3 外周血T细胞的体外培养扩增

1．4．4 RNA提取

1．4．5 制备Tag并测序

1．4．6 基因表达注释

1．4．7 差异表达基因的筛选

1．4．8 Gene Ontology功能显著性富集分析

1．5 数据处理

第二章 实验结果

2．1 单卵双胞胎的鉴定结果

2．2 T细胞经培养扩增后纯度鉴定

2．3 Tag质量评估及比对情况

2．4 差异表达基因比较分析

2．5 差异表达基因注释 见表2．

讨论

结论

附图

参考文献

综述

个人简介

致谢