西北太平洋浅蛤属物种分化与系统地理学研究

摘要

浅蛤属包含黑浅蛤、等边浅蛤及半布目浅蛤,这三个种广泛分布于西北太平沿岸潮间带,具有一定代表性。本研究以浅蛤属的物种为研究对象,利用线粒体基因和核基因分子标记,通过系统发生分析及分子钟推断浅蛤属的物种形成机制。同时对每一个物种的系统地理学进行分析,阐明各物种遗传结构和遗传多样性,推测各物种的地理格局演化过程。
　　1、浅蛤属物种分化与系统地理学研究
　　西北太平洋特殊的地理结构和水文特征影响其沿岸生物的物种分化及地理格局形成。本研究利用mtCOI和nrITS-1两种分子标记,分析了浅蛤属分布在西北太平洋沿岸共16个群体的265个样品。两种分子标记均证明浅蛤属内存在三个明显的分支,并且与三个物种形态分类结果相对应;线粒体分子钟估算结果显示物种分化时间发生在上新世-更新世。群体动态分析显示浅蛤属物种都曾经历过明显的群体扩张,另外群体遗传分析发现黑浅蛤和等边浅蛤不同海区的群体间存在显著差异,而广泛分布在长江以南沿海的半布目浅蛤群体间未表现出显著差异。结果表明东亚地区的浅蛤属的物种形成主要是边缘海的隔离造成的,各边缘海内的群体在漫长的进化历程中不断积累突变,最终形成三个不同的种。冰期结束海平面上升屏障消除,浅蛤属幼虫的扩散和中国近岸的海流环境维持黑浅蛤、等边浅蛤及半布目浅蛤广泛分布在西北太平洋沿岸。
　　2、半布目浅蛤的微卫星分子标记开发
　　使用磁珠富集法从半布目浅蛤基因组DNA中成功筛选出14个具微卫星位点。各位点通过30个半布目浅蛤野生个体的检测,结果得出微卫星位点的等位基因数目为4-12个不等;表观杂合度为0.233~0.758,期望杂合度为0.244~0.880。这些微卫星位点将是评估浅蛤属群体遗传结构及基因流的良好工具。

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第一章 综述

1物种分化

1.1 物种概念

1.2物种形成与分化的机制

2系统地理学研究

2.1 分子系统地理学简介

2.2 系统地理学的理论基础

3 全球海洋热点区域研究现状

3.1 东北太平洋海域

3.2 西南大西洋海域

3.3 大西洋-地中海海域

3.4 印度-西太平洋海域

3.5 西南太平洋海域

4西北太平洋沿岸的物种分化及其系统地理学研究

4.1 西北太平洋沿岸特点

4.2研究现状：

5浅蛤属简介

5.1 黑浅蛤

5.2 等边浅蛤

5.3 半布目浅蛤

第二章 浅蛤属物种分化与系统地理学研究

0 引言

1 材料与方法

1.1 样品采集

1.2 序列获取

1.3 系统发生分析

1.4物种分化时间计算

1.5 群体遗传结构分析

1.6 历史动态分析

2结果

2.1系统发生分析

2.2 种内群体分析

2.3 种群历史动态

3 讨论

3.1历史事件影响浅蛤属物种分化

3.2目前地理格局形成机制

第三章 半布目浅蛤的微卫星分子标记开发

0 引言：

1材料与方法：

1.1实验材料

1.2样品处理

1.3 DNA 提取

1.4微卫星序列开发

1.5 片段克隆、筛选及测序

1.6微卫星序列分析及引物设计

1.7引物的筛选

1.8 群体多态性的检测

1.9 结果记录及数据分析

2结果

2.1建库结果

2.2克隆筛选结果

2.3 微卫星序列结果及引物设计

2.4引物多态性筛选

3讨论

参考文献

致谢

个人简历

学术成果