浅蛤属(Macridiscus)包括3个形态非常相似的物种,即黑浅蛤(M.melanaegis)、等边浅蛤(M.multifarius)和半步目浅蛤(M.semicancellata),其中前二者为同域分布.根据形态学特征,浅蛤属物种较难区分.本研究以改进的CTAB法提取浅蛤个体基因组DNA后,用引物Macr_CO1_F16834和Cytb_Macr_R2PCR配对进行聚合酶链式反应(PCR),扩增线粒体DNA控制区至细胞色素b基因(Cyt b)的DNA片段并进行序列测定,结果发现在黑浅蛤控制区偏3′端,存在该种特有的长度为363bp的数目可变串联重复序列(variable number of tandem repeat,VNTR),种内因该VNTR出现1~3次不等的串联拷贝,而表现出广泛的长度多态性和个体内线粒体异质性现象,这是目前在动物线粒体控制区中发现的最大的VNTR;在半步目浅蛤的控制区的偏3′端,则同时存在14和17bp的2个较短的VNTRs,该物种也因这2个VNTRs的拷贝数目不同,而存在广泛的长度多态性;而等边浅蛤的该段序列长度保守,没有与其他物种共享的VNTR.以该段序列作为分子标记,运用PCR技术能够快速准确地识别浅蛤属物种.
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