声明
摘要
第一章 绪论
1.1 非血红素铁酶
1.2 分子间弱相互作用
1.3 卤键
1.4 本论文的研究内容及意义
参考文献
第二章 理论基础和计算方法
2.1 量子化学概述
2.1.1 Born-Oppenhemer近似
2.1.2 分子轨道理论
2.1.3 电子相关与相关能
2.1.4 密度泛函理论
2.1.5 能量分解方法
2.1.6 分子静电势
2.1.7 复合物相互作用能计算
2.2 分子动力学模拟
2.2.1 分子动力学
2.2.2 分子力场
2.2.3 分子力场的参数化
2.3 QM/MM方法
2.3.1 QM/MM方法的计算模型
2.3.2 QM/MM方法的基本理论框架
2.3.3 QM/MM计算程序
参考文献
第三章 HEPD酶的分子动力学模拟
3.1 前言
3.2 计算方法
3.2.1 模型构建
3.2.2 分子动力学模拟
3.2.3 QM/MM分子动力学模拟
3.3 结果与讨论
3.4 结论
参考文献
第四章 HEPD酶的催化反应机理
4.1 前言
4.2 计算方法
4.2.1 团簇模型的计算
4.2.2 QM/MM计算模型
4.3 结果与讨论
4.3.1 HEPD酶的催化反应机理
4.3.2 铁超氧化物中间体的性质
4.3.3 末端和前端氢转移反应
4.3.4 羟基过氧化物中间体
4.3.5 C-C键断裂的反应机理
4.3.6 酶环境的重要作用
4.3.7 碳碳键断裂反应的可调节性
4.4 结论
参考文献
第五章 HEPD酶中水分子的催化作用
5.1 前言
5.2 计算细节
5.3 结果与讨论
5.3.1 QM/MM反应机理总结
5.3.2 酶活性中心附近受限水分子的性质
5.3.3 配体与水分子交换取代反应的检验
5.3.4 水分子参与的HEPD酶催化反应机理
5.3.5 与实验结果的比较
5.4 结论
参考文献
第六章 可极化椭球力场在卤键中的应用
6.1 卤键简介
6.2 卤键势能面的特点
6.3 卤键的可极化椭球模型
6.3.1 理论和方法
6.3.2 PEff力场参数拟合方法
6.4 结果和讨论
6.4.1 PEff模型中的参数
6.4.2 PEff模型描述卤键的效果
6.5 结论
参考文献
展望
致谢
攻读博士期间发表的论文