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摘要
缩略词(Abbreviation)
第一章 绪论
1.1 纤维素酶基因诱导表达机制假设
1.2 诱导表达模式
1.3 纤维素酶基因表达的转录调控因子
1.3.1 Zn(Ⅱ)2Cys6家族转录调控因子
1.3.2 碳代谢阻遏抑制因子—Cre1
1.3.3 纤维素酶基因表达激活因子—Ace1与 Ace2
1.3.4 Hap2/3/5复合物
1.3.5 木聚糖调控因子1(xylanase regulator 1,Xyr1)
1.4 线粒体功能对纤维素酶基因转录的影响
1.5 染色体结构对纤维素酶基因转录的影响
1.6 真核生物基因的转录起始与染色质结构调控
1.6.1 核心启动子参与有效的转录起始前复合物的形成
1.6.2 有效的转录起始过程的形成
1.6.3 染色质动态变化机制
1.6.3 DNA甲基化
1.7 染色质结构变化在丝状真菌基因转录过程中作用的研究进展
1.8 立题依据及研究内容
第二章 瑞氏木霉组蛋白乙酰转移酶基因gcn5的鉴定及功能分析
2.1 引言
2.2 材料与方法
2.2.1 菌种和质粒
2.2.2 培养基和培养条件
2.2.3 本章所用引物
2.2.4 序列比对与系统进化树分析
2.2.5 酵母菌株培养以及酵母转化
2.2.6 瑞氏木霉的遗传转化
2.2.7 真菌转化子的筛选
2.2.8 Southern blot方法
2.2.9 平板检测
2.2.10 蛋白质含量测定
2.2.11 外切葡聚糖酶活力测定方法
2.3 主要试剂与仪器
2.4 结果与讨论
2.4.1.瑞氏木霉中gcn5基因的鉴定和蛋白结构域比对分析
2.4.2 瑞氏木霉Gcn5在酿酒酵母中的功能验证
2.4.3 瑞氏木霉△gcn5∷pyr4突变株的构建
2.4.4 gcn5基因对维持菌丝生长具有重要作用
2.4.5 gcn5对于维持正常的菌丝形态和孢子产生具有重要作用
2.4.6 纤维素酶基因的转录依赖于gcn5基因的功能
2.4.7 gcn5基因的缺失并没有影响所有糖苷水解酶基因的诱导表达
2.4.8 纤维素酶基因转录的丧失并不是由于生长缺陷造成的
2.5 小结
第三章 瑞氏木霉野生型和gcn5缺失菌株的转录谱分析
3.1 引言
3.2 材料与方法
3.2.1 菌种,培养基和培养条件
3.2.2 瑞氏木霉总RNA的提取
3.2.3 总RNA中基因组DNA的去除
3.2.4 紫外检测RNA产率和纯度
3.2.5 测序准备工作
3.2.6 基因表达水平研究
3.3 实验仪器
3.4 结果与讨论
3.4.1 待测RNA样品的浓度和纯度检测结果
3.4.2.测序质量评估,测序随机性分析,饱和度分析,覆盖度统计
3.4.3 差异表达基因的筛选
3.4.4 差异基因的表达模式聚类分析
3.4.5 差异表达基因数目的统计
3.4.6 纤维素降解相关蛋白的表达差异
3.4.7 RNA样品信息GO分析
3.4.8 RNA样品信息pathway分析
3.4.9 其他组蛋白乙酰化酶的表达量分析
3.4.10 gcn5缺失对其他代谢途径的影响
3.5 小结
第四章 瑞氏木霉染色质免疫共沉淀技术的建立及在纤维素酶基因转录研究中的应用
4.1 引言
4.2 材料与方法
4.2.1 菌种和质粒
4.2.2 主要试剂及仪器
4.2.3 本章实验所用的引物序列
4.2.4 培养基和培养方法
4.2.5 菌种的保存
4.3 实验方法
4.4 结果与讨论
4.4.1 瑞氏木霉中染色体免疫共沉淀实验条件的考察与优化
4.4.2 ChIP实验技术在T.reesei中的应用
4.5 本章小结
第五章 瑞氏木霉纤维素酶基因启动子区核小体组蛋白乙酰化修饰及与其对基因诱导转录的影响
5.1 引言
5.2 材料与方法
5.2.1 菌种和质粒
5.2.2 引物
5.2.3 培养基和培养条件
5.2.4 实验试剂、仪器和耗材
5.2.5 实验方法
5.2.6 瑞氏木霉的氨基酸定点突变菌株的构建方法
5.3 结果与讨论
5.3.1 瑞氏木霉在诱导条件下cbh1核心启动子区组蛋白H3K9乙酰化的动态修饰变化
5.3.2 gcn5缺失影响cbh1基因核心启动子区的核小体组蛋白乙酰化水平
5.3.3 纤维素诱导条件下cbh1核心启动子区组蛋白H3的第9位和第14位赖氨酸乙酰化修饰动态变化
5.3.4 gcn5缺失菌中核心启动子区组蛋白乙酰化水平的降低并不是胞内乙酰化组蛋白总量降低导致的
5.3.5 含有组蛋白H3乙酰化位点突变的T.reesei突变菌株的构建
5.3.6 组蛋白H3乙酰化位点突变的菌株的裹型产生不同影响
5.3.7 组蛋白H3乙酰化位点突变的菌株的纤维素酶基因转录和纤维素酶合成能力分析
5.3.8 组蛋白H3乙酰化位点的突变以及gcn5基因缺失影响了xyr1的转录
5.3.9 Xyr1、组蛋白乙酰化水平和cbh1基因转录三者之间的关系
5.3.10 其它纤维素酶基因启动子上组蛋白乙酰化水平的变化分析
5.3.11 xyr1启动子上的乙酰化水平分析
5.4 本章小结
第六章 瑞氏木霉纤维素酶基因相关转录因子在cbh1启动子上的结合位点分析
6.1 引言
6.2 材料与方法
6.2.1 菌种和质粒
6.2.2 引物
6.2.3 培养基和培养方法
6.2.4 菌种的保存
6.2.5 实验方法
6.4 结果与讨论
6.4.1 酵母单杂交体系的构建
6.4.2 xyr1,ace1,ace2基因的获得
6.4.3 Xyr1 DBD与Gal4 DBD结构域的比对
6.4.4 Xyr1以及Xyr1 DBD表达载体的构建
6.4.5 Xyr1与cbh1启动子作用的酵母单杂交系统分析
6.4.6 Xyr1 DBD的结合活性研究
6.4.7 Xyr1转录激活结构域的酵母单杂交分析
6.4.8 转录因子Xyr1,Ace1,Ace2及其DBD区的异源表达及纯化
6.4.9 Xyr1抗体制备及分析
6.5 本章小结
全文总结
参考文献
外文写作一
攻读学位期间发表的论文
致谢