鸮形目鸟类线粒体调控区序列的测定与比较研究

摘要

本论文主要测定了鸮形目四种鸟类的线粒体调控区全序列，从比较基因组学和生物信息学的角度对鸮形目鸟类线粒体调控区的结构进行了研究分析，并对鸟类线粒体调控区的起源、进化、生理功能等进行了探讨，进而研究串联重复序列的起源和进化及形成的机制和生理功能等问题。 利用Long-PCR和Primer-Walking的方法对鸮形目的短耳鸮、长耳鸮、纵纹腹小鸮、灰林鸮四种鸟类的线粒体调控区进行了全序列测定。实验结果表明：短耳鸮的调控区长度为3290bp；长耳鸮为2848bp；纵纹腹小鸮为2444bp；灰林鸮为1771bp。短耳鸮的调控区长度是四种鸮中最大的，并且是目前已知最大的鸟类线粒体调控区。这四种鸮类调控区的基本结构和其它鸟类相似，按照碱基变化速率的不同可以分为三个区：碱基变化速率较快的外围区域Ⅰ、ⅡⅢ和保守的中间区域Ⅱ。在这三个区中均存在一些序列保守的功能框，有些是脊椎动物所共有的，有些是鸟类所特有的。这四种鸟类调控区的3’端均存在大量的串联重复序列，短耳鸮为126bp单元重复7次和78bp单元重复14次，两段重复区之间有99bp间隔；长耳鸮为127bp单元重复8次和78bp单元重复6次，重复区之间有55bp间隔；纵纹腹小鸮有3个重复单元，分别为89bp单元重复3次、77bp单元重复4次和71bp单元重复6次，89bp的重复单元与77bp重复单元之间仅有2bp间隔，77bp重复区与71bp重复区之间有64bp的间隔序列；灰林鸮仅有1个单元的串联重复为78bp重复5次。分析表明调控区中串联重复序列可能是由链的滑动错配产生，与线粒体基因组复制过程中聚合酶的活动受到阻碍有关。另外这些重复序列都能形成热力学稳定的多重茎环二级结构，而且在重复序列中还发现一些保守基序，这说明重复序列并非完全是冗余序列，它们可能具有一定的生理功能，影响调控区的调控功能从而影响线粒体基因组的复制和转录。

目录

1文献综述

2鸮形目鸟类线粒体调控区序列测定及比较研究

结论:

参考文献：

附录1 表3鸮形目鸟四种类线粒体调控区保守框的比较

附录2 短耳鸮线粒体调控区全序列

附录3 长耳鸮线粒体调控区全序列

附录4 纵纹腹小鸮线粒体调控区全序列

附录5 灰林鸮线粒体调控区全序列

附录6 硕士在读期间发表论文情况

致谢

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