声明
摘要
图表目录
1 绪论
1.1 进化和共进化
1.1.1 进化背景介绍
1.1.2 共进化背景介绍
1.2 蛋白质共进化预测方法
1.2.1 蛋白质的定义
1.2.2 蛋白质数据库
1.2.3 数据库搜索
1.2.4 序列比对
1.3 共进化互信息模型
1.4 本文主要内容及结构
2 整合氨基酸背景频率的共进化互信息模型
2.1 研究背景
2.2 MIB模型的描述
2.3 结果与讨论
2.3.1 简化MSA中MI和MIB的差异分析
2.3.2 序列相似度对MIB的影响
2.3.3 MIB模型预测性能
2.4 本章小结
3 氨基酸物理化学性质共进化互信息模型
3.1 研究背景
3.2 MIP模型的描述
3.3 MIBP模型的描述
3.4 结果与讨论
3.4.1 在简化MSA中的MI、MIP和MIBP的差异分析
3.4.2 MIP和MIBP模型预测性能
3.4.3 共进化与保守性的关系
3.4.4 不同共进化度量的比较
3.5 本章小结
4 利用n维互信息度量蛋白质多残基共进化
4.1 研究背景
4.2 nDMI方法
4.2.1 构建互信息矩阵
4.2.2 n维互信息定义
4.3 结果与讨论
4.3.1 用简化MSA来说明nDMI模型
4.3.2 nDMI方法在G蛋白上的应用
4.3.3 nDMl方法在GPCRs上的应用
4.4 本章小结
5 度量基于邻近残基共进化关系的蛋白质双子序列相关性
5.1 研究背景
5.2 相关性方法描述
5.2.1 互信息矩阵
5.2.2 互信息矩阵相关性度量
5.3 结果与讨论
5.3.1 用简化MSA来说明方法
5.3.2 确定子序列长度
5.3.3 R值方法预测性能
5.4 本章小结
6 结论与展望
6.1 结论
6.2 展望
参考文献
攻读博士学位期间科研项目及科研成果
致谢
作者简介