运用ISSR分子标记对腐食酪螨不同种群遗传多样性的研究

摘要

本研究采用ISSR分子标记探讨了江西省内不同种群的腐食酪螨遗传多样性及其种群遗传结构。主要研究内容及结果如下。 (1)探索了提取腐食酪螨基因组DNA的最适条件：腐食酪螨个体数：100只：消化体系配方(250μL)：SDS(10％)40μL、蛋白酶K(10mg/mL)10μL、STE 200μL；消化温度：45℃。 (2)腐食酪螨ISSR-PCR反应体系的优化。腐食酪螨ISSR-PCR的最佳反应体系：(25μL)Buffer 2.5 mM；Mg<'2+>1.5 mM；dNTPs 0.2 mM；ISSR引物0.2μM；模板DNA 20 ng；Taq DNA聚合酶0.75U。 (3)实验从40条ISSR引物中筛选了12条扩增稳定、条带清晰、多态性高能引物，分析了采集于赣州饲料(GZ-S)、九江饲料(JJ-S)、南昌饲料(NC-S)、南昌食用菌(NC-J)中4个腐食酪螨种群的遗传多样性情况。一共获得121条清晰条带，其中84条具有多态性，多态带百分率(PPB)达69.42％。在种群水平上，平均期望杂合度(He)，Shannon指数(Ⅰ)和多态带百分率分别为0.1576，0.2259，和36.57％；在物种水平上，平均期望杂合度(He)，Shannon指数(Ⅰ)和多态带百分率(PPB)分别为0.2839，0.4118和69.42％。九江饲料(JJ-S)种群相对其他三个种群遗传多样性较高(H=0.2175；I=0.3127；PPB=51.24％)。 (4)遗传距离表和UPMGA系统发生树表明，各种群间的遗传距离(SD)在0.1005-0.1 810之间，平均遗传距离为0.1435±0.0277，各种群间的遗传相似系数(SD)在0.8344-0.9044之间，平均遗传相似系数0.8666±0.025 1，Nei's遗传多样性分析表明种群间基因流水平较低(Gst=0.3496；Nm=0.9302)；分析其结果可看出：江西地区腐食酪螨种群发生了一定的分化，南昌腐食酪螨两种群亲缘关系最为紧密；九江种群与其他种群亲缘关系较远，说明地域限制因素对于系统分化以及基因交流的影响强于寄主因素的影响。

目录

文摘

英文文摘

声明

第1章前言

1.1 DNA分子标记方法在螨类研究上的应用

1.2 ISSR标记技术及其在动物遗传多样性研究中的应用

1.2.1评估种群遗传多样性

1.2.2品种和种质鉴定

1.2.3物种和种群亲缘关系研究

1.3课题研究目的、意义

第2章材料与方法

2.1实验材料

2.1.1供试螨种

2.1.2种类鉴定

2.1.3粉螨饲养

2.2试剂和仪器

2.2.1试剂

2.2.2仪器

2.3实验方法

2.3.1腐食酪螨基因组DNA的提取与检测

2.3.2腐食酪螨ISSR-PCR扩增反应

2.3.3数据分析

2.3.4遗传多样性参数指标

第3章结果与分析

3.1基因组DNA的提取

3.1.1蛋白酶K、SDS最适浓度的确定

3.1.2最适消化温度的确定

3.1.3最适宜样品数的确定

3.2 ISSR最佳反应体系的建立

3.2.1最佳模板DNA浓度的确定

3.2.2最佳Mg2+浓度的确定

3.2.3最佳dNTPs浓度的确定

3.2.4最佳引物浓度的确定

3.2.5最佳Taq DNA聚合酶用量的确定

3.2.6最佳退火温度的确定

3.3 ISSR引物的筛选及扩增结果分析

3.3.1 ISSR引物的筛选

3.3.2 ISSR引物扩增结果

3.4遗传多样性分析

3.4.1物种水平上的遗传多样性

3.4.2各种群的遗传多样性特点

3.5种群分化关系及遗传结构

3.5.1腐食酪螨群体间遗传变异分析

3.5.2基于遗传距离的种群间系统发生树

第4章小结与讨论

4.1粉螨基因组DNA提取方案建立

4.2粉螨ISSR-PCR系统优化

4.3种群遗传多样性

4.4种群遗传分化

4.5研究有待改进的地方与展望

致谢

参考文献

附录

攻读学位期间的研究成果