基于二代测序技术的遗传性痉挛性截瘫一家系突变情况的研究

摘要

目的：对遗传性痉挛性截瘫伴薄型胼胝体(Hereditary spastic paraplegia with a thin corpus callosum，HSP-TCC)一家系进行二代测序，从而明确本家系的致病基因。
　　方法：对本家系患者进行临床诊断，总结患者临床-遗传特点，构建标准家系图，选取4名家系成员（患者及同辈兄妹共4人）作为待测样本。
　　1.临床诊断：病史采集、神经系统体格检查、实验室检查、颅脑 MRI等；
　　2.基因检测：取上述待测样本外周血，提取DNA。应用HSP相关致病基因全外显子测序、全外显子组测序结合Sanger测序等方法，检测本家系的基因突变情况。
　　结果：一患者样本通过HSP相关致病基因全外显子测序，并未发现已知的HSP致病基因，但排除绝大部分临床上主诉为痉挛性截瘫的其他遗传病；随后进行另外3个样本的全外显子组测序结合Sanger测序，发现大量新发SNPs和Indels，并筛选出可能有意义的候选基因NBPF1和AHI1突变。
　　结论：在具有典型HSP-TCC临床表现的家系患者中，其致病基因并非目前已知的HSP致病基因，而是一种新发的罕见突变，可能是目前未成功克隆的HSP亚型致病基因亦或一新发HSP亚型；通过基因芯片测序，发现大量新发SNPs和Indels，并筛选出该家系可能有意义的候选致病基因：NBPF1和AHI1基因；建立了对HSP的基因检测流程，可用于HSP患者的早期筛查和基因诊断，为产前诊断提供可靠依据；Sanger测序、自定义Gene Panel全外显子测序和全外显子组测序各有优缺点，正确选择基因检测的方法、保证测序过程的严谨和信息分析方法的完备，是确保研究结果的准确可靠的必要条件。

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中英文略缩词表

第1章 前言

第2章 研究对象与实验材料

2.1 研究对象

2.2 实验材料

第3章 研究方法

3.1 全血基因组DNA样本的提取及质量检测

3.2 HSP相关致病基因全外显子测序

3.3 全外显子组测序

3.4 Sanger测序验证

第4章 结果

4.1 原始数据概况

4.2 突变分析

第5章 讨论

5.1 HSP和HSP-TCC

5.2 一代测序和二代测序

5.3 NBPF1和AHI1基因

第6章 结论

6.1 结论

6.2 进一步工作的方向

致谢

参考文献

附表A

附表B

攻读学位期间的研究成果

综述: 遗传性痉挛性截瘫的分子发病机制的研究进展